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Enregistrement W4320889444 · doi:10.1101/2023.02.15.528523

Architecture and regulation of filamentous human cystathionine beta-synthase

2023· preprint· en· W4320889444 sur OpenAlexfundno aff
Thomas J. McCorvie, H. Bailey, Claire Strain‐Damerell, Arnaud Baslé, Wyatt W. Yue

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueFolate and B Vitamins Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilUniversity of OxfordOntario Ministry of Economic Development and InnovationEuropean Federation of Pharmaceutical Industries and AssociationsNovartis PharmaWellcome TrustMedical Research CouncilMinistero dello Sviluppo EconomicoGenome CanadaFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São PauloWolfson FoundationDiamond Light SourcePfizer
Mots-clésAllosteric regulationCooperativityCystathionine beta synthaseSteric effectsChemistryCysteineBiophysicsStereochemistryBiochemistryEnzymeBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Cystathionine beta-synthase (CBS) is an essential metabolic enzyme across all domains of life involved in the production of glutathione, cysteine, and hydrogen sulphide 1–4 . Human CBS appends to its conserved catalytic domain a regulatory domain that modulates activity by S-adenosyl-L-methionine (SAM) and promotes oligomerization 5–12 , however the molecular basis is unknown. Here we show using cryo-electron microscopy that full-length human CBS in the basal and SAM-bound activated states polymerises as filaments mediated by a conserved regulatory domain loop. In the basal state, CBS regulatory domains sterically block the catalytic domain active site, resulting in a low activity filament with three CBS dimers per turn. This steric block is removed when in the activated state, one molecule of SAM binds to the regulatory domain, forming a high activity filament with two CBS dimers per turn. These large conformational changes result in a central filament of SAM stabilised regulatory domains at the core, decorated with highly flexible catalytic domains. Polymerization stabilises CBS and increases the cooperativity of allosteric activation by SAM. Together our findings elaborate our understanding of CBS enzyme regulation, and open new avenues for investigating the pathogenic mechanism and therapeutic opportunities for CBS-associated disorders 3,13–17 .

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,030
Tête enseignante GPT0,277
Écart entre enseignants0,247 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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