Signatures of co-evolution and co-regulation in the CYP3A and CYP4F genes in humans
Notice bibliographique
Résumé
1 Abstract Cytochromes P450 (CYP450) are hemoproteins generally involved in the detoxification of the body of xenobiotic molecules. They participate in the metabolism of many drugs and genetic polymorphisms in humans have been found to impact drugs responses and metabolic functions. In this study, we investigate the genetic diversity for CYP450 genes. We found that two clusters, CYP3A and CYP4F , are notably differentiated across human populations with evidence for selective pressures acting on both clusters: we found signals of recent positive selection in CYP3A and CYP4F genes and signals of balancing selection in CYP4F genes. Furthermore, unusual linkage disequilibrium pattern is detected in both clusters, suggesting co-evolution of genes within clusters. Several of these selective signals co-localize with expression quantitative trait loci, which suggest co-regulation and epistasis within these highly important gene families. We also found that SNPs under selection in Africans within the CYP3A cluster are associated to CYP3A5 expression levels which are causally associated with reticulocytes count, as established by mendelian randomization. Furthermore, as the CYP3A and CYP4F subfamilies are involved in the metabolism of nutrients and drugs, our findings linking natural selection and gene expression in these gene clusters are of importance in understanding population differences in human health.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».