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Enregistrement W4323048249 · doi:10.1038/s41467-023-36692-w

The dynamic nature of netrin-1 and the structural basis for glycosaminoglycan fragment-induced filament formation

2023· article· en· W4323048249 sur OpenAlexafffund
Markus Meier, Monika Gupta, Şerife Akgül, Matthew McDougall, Thomas Imhof, Denise Nikodemus, Raphael Reuten, Aniel Moya, Vu To, Fraser G. Ferens, Fabian Heide, Philipp Kukura, Wenming Huang, Birgit Gerisch, Matthias Mörgelin, Kate Poole, Adam Antebi, Manuel Koch, Jörg Stetefeld

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueAxon Guidance and Neuronal Signaling
Établissements canadiensUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchDeutsche ForschungsgemeinschaftDiamond Light SourceCanadian Light Source
Mots-clésNetrinHeparan sulfateAxon guidanceCell biologyGlycosaminoglycanHeparinProtein filamentChemistryBiophysicsBiologyBiochemistryAxon

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Netrin-1 is a bifunctional chemotropic guidance cue that plays key roles in diverse cellular processes including axon pathfinding, cell migration, adhesion, differentiation, and survival. Here, we present a molecular understanding of netrin-1 mediated interactions with glycosaminoglycan chains of diverse heparan sulfate proteoglycans (HSPGs) and short heparin oligosaccharides. Whereas interactions with HSPGs act as platform to co-localise netrin-1 close to the cell surface, heparin oligosaccharides have a significant impact on the highly dynamic behaviour of netrin-1. Remarkably, the monomer-dimer equilibrium of netrin-1 in solution is abolished in the presence of heparin oligosaccharides and replaced with highly hierarchical and distinct super assemblies leading to unique, yet unknown netrin-1 filament formation. In our integrated approach we provide a molecular mechanism for the filament assembly which opens fresh paths towards a molecular understanding of netrin-1 functions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,393
Score d'incertitude au seuil0,882

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,035
Tête enseignante GPT0,329
Écart entre enseignants0,294 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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