GPTree Cluster: phylogenetic tree cluster generator in the context of supertree inference
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Summary: For many years, evolutionary and molecular biologists have been working with phylogenetic supertrees, which are oriented acyclic graph structures. In the standard approaches, supertrees are obtained by concatenating a set of phylogenetic trees defined on different but overlapping sets of taxa (i.e. species). More recent approaches propose alternative solutions for supertree inference. The testing of new metrics for comparing supertrees and adapting clustering algorithms to overlapping phylogenetic trees with different numbers of leaves requires large amounts of data. In this context, designing a new approach and developing a computer program to generate phylogenetic tree clusters with different numbers of overlapping leaves are key elements to advance research on phylogenetic supertrees and evolution. The main objective of the project is to propose a new approach to simulate clusters of phylogenetic trees defined on different, but mutually overlapping, sets of taxa, with biological events. The proposed generator can be used to generate a certain number of clusters of phylogenetic trees in Newick format with a variable number of leaves and with a defined level of overlap between trees in clusters. Availability and implementation: A Python script version 3.7, called GPTree Cluster, which implements the discussed approach, is freely available at: https://github.com/tahiri-lab/GPTree/tree/GPTreeCluster.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle