Computational design and experimental verification of pseudoknotted ribozymes
Notice bibliographique
Résumé
The design of new RNA sequences that retain the function of a model RNA structure is a challenge in bioinformatics because of the structural complexity of these molecules. RNA can fold into its secondary and tertiary structures by forming stem–loops and pseudoknots. A pseudoknot is a set of base pairs between a region within a stem–loop and nucleotides outside of this stem–loop; this motif is very important for numerous functional structures. It is important for any computational design algorithm to take into account these interactions to give a reliable result for any structures that include pseudoknots. In our study, we experimentally validated synthetic ribozymes designed by Enzymer, which implements algorithms allowing for the design of pseudoknots. Enzymer is a program that uses an inverse folding approach to design pseudoknotted RNAs; we used it in this study to design two types of ribozymes. The ribozymes tested were the hammerhead and theglmS, which have a self-cleaving activity that allows them to liberate the new RNA genome copy during rolling-circle replication or to control the expression of the downstream genes, respectively. We demonstrated the efficiency of Enzymer by showing that the pseudoknotted hammerhead andglmSribozymes sequences it designed were extensively modified compared to wild-type sequences and were still active.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».