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Enregistrement W4323348324 · doi:10.1084/jem.20220170

Humans with inherited MyD88 and IRAK-4 deficiencies are predisposed to hypoxemic COVID-19 pneumonia

2023· article· en· W4323348324 sur OpenAlexaff
Ana García‐García, Rebeca Pérez de Diego, Carlos Flores, Darawan Rinchai, Jordi Solé‐Violán, Àngela Deyà‐Martínez, Blanca García‐Solis, José M. Lorenzo-Salazar, Elisa Hernández-Brito, Anna-Lisa Lanz, Leen Moens, Giorgia Bucciol, Mohamed Almuqamam, Joseph B. Domachowske, Elena Colino, Juan Luis Santos, Francisco Manuel Marco de la Calle, Claudio Pignata, Aziz Bousfiha, Stuart E. Turvey, Stefanie Bauer, Filomeen Haerynck, J. Gonzalo Ocejo‐Vinyals, Francisco Lendínez, Seraina Prader, Nora Naumann‐Bartsch, Jana Pachlopnik Schmid, Catherine M. Biggs, Kyla J. Hildebrand, Alexandra Dreesman, Miguel Ángel Cárdenes, Fatima Ailal, Ibtihal Benhsaien, Giuliana Giardino, Agueda Molina-Fuentes, Clàudia Fortuny, Swetha Madhavarapu, Daniel Conway, Carolina Prando, Laire Schidlowski, María T. Martínez-Saavedra, Rafael Alfaro, Felipe Rodrı́guez de Castro, Gerhard Kindle, Nizar Mahlaoui, Markus G. Seidel, Lougaris Vassilios, Mikko Seppänen, Alessandro Aiuti, Saleh Al‐Muhsen, Fahd Al‐Mulla, Mark S. Anderson, Evangelos Andreakos, Andrés A. Arias, Hagit Baris Feldman, Alexandre Bélot, Dusan Bogunovic, Alexandre Bolze, Анастасія Бондаренко, Ahmed Aziz Bousfiha, Petter Brodin, Yenan T. Bryceson, Carlos D. Bustamante, Manish J. Butte, Giorgio Casari, John Christodoulou, Antônio Condino‐Neto, Stefan N. Constantinescu, Megan A. Cooper, Clifton L. Dalgard, Murkesh Desai, Beth A. Drolet, Jamila El Baghdadi, Sara Elva Espinosa‐Padilla, Jacques Fellay, José Luis Franco, Antoine Froidure, Peter K. Gregersen, Bodo Grimbacher, David Hagin, Rabih Halwani, Lennart Hammarström, James R. Heath, Sarah E. Henrickson, Elena W.Y. Hsieh, Eystein S. Husebye, Kohsuke Imai, Yuval Itan, Erich D. Jarvis, Timokratis Karamitros, Kai Kisand, Cheng‐Lung Ku, YL Lau, Yun Ling, C. Lucas, Tom Maniatis, Davood Mansouri, László Maródi, Isabelle Meyts, Joshua D. Milner, Kristina Mironska, Trine H. Mogensen, Tomohiro Morio, Lisa F. P. Ng, Luigi D. Notarangelo, Antonio Novelli, Giuseppe Novelli, Cliona O’Farrelly, Satoshi Okada, Keisuke Okamoto, Tayfun Özçelık, Qiang Pan‐Hammarström, Jean W. Pape, Rebecca Perez de Diego, David S. Perlin, Graziano Pesole, Anna M. Planas, Aurora Pujol, Lluís Quintana‐Murci, Sathishkumar Ramaswamy, Laurent Rénia, Igor Resnick, Carlos Rodríguez‐Gallego, Vanessa Sancho‐Shimizu, Anna Šedivá, Mikko R.J. Seppänan, Mohammed Shahrooei, Anna Shcherbina, Ondřej Slabý, Andrew L. Snow, Pere Soler‐Palacín, András N. Spaan, Ivan Tancevski, Stuart G. Tangye, Ahmad Abou Tayoun, K. M. Furkan Uddin, Mohammed Uddin, Diederik van de Beek, Donald C. Vinh, Horst von Bernuth, Joost Wauters, Mayana Zatz, Paweł Zawadzki, Helen C. Su, Fabian Hauck, Anne Puel, Paul Bastard, Bertrand Boisson, Emmanuelle Jouanguy, Aurélie Cobat, Qian Zhang, Laia Alsina

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Experimental Medicine · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmune Response and Inflammation
Établissements canadiensBC Children's HospitalUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesFundación Canaria Instituto de Investigación Sanitaria de CanariasAgencia Estatal de InvestigaciónInstituto de Salud Carlos IIINational Center for Advancing Translational SciencesHORIZON EUROPE Framework ProgrammeNational Center for Research ResourcesUniversität ZürichGeneralitat de CatalunyaBundesministerium für Bildung und ForschungMinisterio de Ciencia e InnovaciónFundación MapfreElse Kröner-Fresenius-StiftungEuropean CommissionNational Institutes of HealthSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungCentres de Recerca de CatalunyaCSL BehringNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesHoward Hughes Medical InstituteNational Science Foundation
Mots-clésPneumoniaPenetranceMedicinePopulationImmunologyAtypical pneumoniaInternal medicineBiologyGeneGeneticsPhenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

X-linked recessive deficiency of TLR7, a MyD88- and IRAK-4-dependent endosomal ssRNA sensor, impairs SARS-CoV-2 recognition and type I IFN production in plasmacytoid dendritic cells (pDCs), thereby underlying hypoxemic COVID-19 pneumonia with high penetrance. We report 22 unvaccinated patients with autosomal recessive MyD88 or IRAK-4 deficiency infected with SARS-CoV-2 (mean age: 10.9 yr; 2 mo to 24 yr), originating from 17 kindreds from eight countries on three continents. 16 patients were hospitalized: six with moderate, four with severe, and six with critical pneumonia, one of whom died. The risk of hypoxemic pneumonia increased with age. The risk of invasive mechanical ventilation was also much greater than in age-matched controls from the general population (OR: 74.7, 95% CI: 26.8-207.8, P < 0.001). The patients' susceptibility to SARS-CoV-2 can be attributed to impaired TLR7-dependent type I IFN production by pDCs, which do not sense SARS-CoV-2 correctly. Patients with inherited MyD88 or IRAK-4 deficiency were long thought to be selectively vulnerable to pyogenic bacteria, but also have a high risk of hypoxemic COVID-19 pneumonia.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,180
Score d'incertitude au seuil0,269

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,031
Tête enseignante GPT0,299
Écart entre enseignants0,268 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations56
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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