A27 DNA HYPOMETHYLATION INDUCED BY 5-AZA-CDR OR LOSS OF DNMT1 INHIBITS COLITIS-ASSOCIATED COLORECTAL CANCER
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Colorectal cancer is the second leading cause of cancer death in Canada. A major risk factor for the development of colorectal cancer is chronic inflammation leading to colitis-associated cancer (CAC). We previously described a CAC mouse model in which tumors arise from DCLK1+ tuft cells following loss of the tumor suppressor adenomatous polyposis coli (APC) and induction of colitis. Interestingly, both colitis and CAC display epigenetic changes that modulate gene expression. However, the impact of DNA methylation changes on colonic tumorigenesis is not known. Thus, we hypothesize that inhibition of DNA methylation in DCLK1+ tuft cells reduces colonic tumorigenesis. Purpose In this study, we aim to investigate the role of DNA methylation in CAC by inhibiting DNA methylation using genetic and pharmacologic means. Method Using a publicly available dataset (GSE75214) of gene expression data analyzed by microarray from colonic biopsies of patients with ulcerative colitis and Crohn’s Disease with active disease, we examined the expression of DNA methyltransferases (DNMTs). Expression of DNMTs in mice with colitis was additionally examined by RT-qPCR and global DNA methylation levels measured by 5-mC ELISA. In separate experiments, Dclk1-CreERT2/Apcf/f mice were crossed to DNMT1f/f mice to knock-out the DNA methyltransferase DNMT1 in DCLK1+ tuft cells. Dclk1/Apcf/f and Dclk1/Apcf/f/DNMT1f/f mice were then administered three doses of tamoxifen followed by 2.5% dextran sodium sulfate (DSS) for five days to induce colitis. Fourteen weeks later, we assessed colonic tumor number and size. In a separate cohort of Dclk1/Apcf/f mice, we induced colitis and treated the mice with six doses of the DNA de-methylating drug 5-AZA-2’-deoxycytidine (5-AZA) or vehicle, and assessed colonic tumor number. To examine DNA methylation changes, we then treated WT mice with 5-AZA and DSS and isolated intestinal epithelial cells. From the intestinal epithelial cell, we isolated DNA and ran the Infinium MouseMethylation BeadChip Array. Result(s) Patients with IBD were found to have increased expression of DNMT1 compared to healthy controls. Mice treated with DSS similarly had increased DNMT1 expression, as well as, global methylation levels compared to controls. Deletion of DNMT1 in DCLK1+ cells significantly inhibited the number and size of colonic tumors. Treatment of mice with 5-AZA decreased global and gene specific DNA methylation levels, and significantly reduced both the number of mice with tumors, and the average colonic tumor number and size per mouse. Conclusion(s) Our findings demonstrate that colitis in both patients and mice is associated with DNA methylation. Furthermore, DNA hypomethylation by 5-AZA treatment or loss of DNMT1 reduces CAC formation suggesting that altered DNA methylation plays a critical role in colonic tumorigenesis. Disclosure of Interest None Declared
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».