MétaCan
Menu
← Retour à la cohorte
Enregistrement W4323350987 · doi:10.1093/jcag/gwac036.027

A27 DNA HYPOMETHYLATION INDUCED BY 5-AZA-CDR OR LOSS OF DNMT1 INHIBITS COLITIS-ASSOCIATED COLORECTAL CANCER

2023· article· en· W4323350987 sur OpenAlexaffabout
Finn Ole Larsen, Hayley Good, Alice E. Shin, Mathieu Derouet, L Zhang, Samuel Asfaha

Notice bibliographique

RevueJournal of the Canadian Association of Gastroenterology · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDNA methylationColorectal cancerCarcinogenesisColitisCancer researchAdenomatous polyposis coliEpigeneticsCancerUlcerative colitisDNA methyltransferaseMethyltransferaseMethylationInflammatory bowel diseaseDNMT1MedicineBiologyMolecular biologyGene expressionImmunologyInternal medicineDNAGeneDiseaseGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background Colorectal cancer is the second leading cause of cancer death in Canada. A major risk factor for the development of colorectal cancer is chronic inflammation leading to colitis-associated cancer (CAC). We previously described a CAC mouse model in which tumors arise from DCLK1+ tuft cells following loss of the tumor suppressor adenomatous polyposis coli (APC) and induction of colitis. Interestingly, both colitis and CAC display epigenetic changes that modulate gene expression. However, the impact of DNA methylation changes on colonic tumorigenesis is not known. Thus, we hypothesize that inhibition of DNA methylation in DCLK1+ tuft cells reduces colonic tumorigenesis. Purpose In this study, we aim to investigate the role of DNA methylation in CAC by inhibiting DNA methylation using genetic and pharmacologic means. Method Using a publicly available dataset (GSE75214) of gene expression data analyzed by microarray from colonic biopsies of patients with ulcerative colitis and Crohn’s Disease with active disease, we examined the expression of DNA methyltransferases (DNMTs). Expression of DNMTs in mice with colitis was additionally examined by RT-qPCR and global DNA methylation levels measured by 5-mC ELISA. In separate experiments, Dclk1-CreERT2/Apcf/f mice were crossed to DNMT1f/f mice to knock-out the DNA methyltransferase DNMT1 in DCLK1+ tuft cells. Dclk1/Apcf/f and Dclk1/Apcf/f/DNMT1f/f mice were then administered three doses of tamoxifen followed by 2.5% dextran sodium sulfate (DSS) for five days to induce colitis. Fourteen weeks later, we assessed colonic tumor number and size. In a separate cohort of Dclk1/Apcf/f mice, we induced colitis and treated the mice with six doses of the DNA de-methylating drug 5-AZA-2’-deoxycytidine (5-AZA) or vehicle, and assessed colonic tumor number. To examine DNA methylation changes, we then treated WT mice with 5-AZA and DSS and isolated intestinal epithelial cells. From the intestinal epithelial cell, we isolated DNA and ran the Infinium MouseMethylation BeadChip Array. Result(s) Patients with IBD were found to have increased expression of DNMT1 compared to healthy controls. Mice treated with DSS similarly had increased DNMT1 expression, as well as, global methylation levels compared to controls. Deletion of DNMT1 in DCLK1+ cells significantly inhibited the number and size of colonic tumors. Treatment of mice with 5-AZA decreased global and gene specific DNA methylation levels, and significantly reduced both the number of mice with tumors, and the average colonic tumor number and size per mouse. Conclusion(s) Our findings demonstrate that colitis in both patients and mice is associated with DNA methylation. Furthermore, DNA hypomethylation by 5-AZA treatment or loss of DNMT1 reduces CAC formation suggesting that altered DNA methylation plays a critical role in colonic tumorigenesis. Disclosure of Interest None Declared

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,251
Écart entre enseignants0,239 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueJournal of the Canadian Association of Gastroenterology→Même sujetEpigenetics and DNA Methylation→Travaux en français237 207→