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Enregistrement W4323351021 · doi:10.1093/jcag/gwac036.039

A39 HEALTHY FIRST-DEGREE RELATIVES FROM MULTIPLEX FAMILIES VERSUS SIMPLEX HARBOR A HIGHER RISK OF DEVELOPING CROHN'S DISEASE AND ARE ASSOCIATED WITH SUBCLINICAL INFLAMMATION AND ALTERED MICROBIOME COMPOSITION

2023· article· en· W4323351021 sur OpenAlexaff
P Olivera, H Martinez-Lozano, H Leibovitzh, M Xue, W Xu, O Espin-Garcia, Karen Madsen, Jonathon B. Meddings, D Guttman, A Griffiths, H Huynh, Deb Turner, Remo Panancionne, H Steinhart, Guy Aumais, Kevan Jacobson, David R. Mack, Jean S. Marshall, Paul Moayyedi, S -H Lee, W Turpin, K Croitoru

Notice bibliographique

RevueJournal of the Canadian Association of Gastroenterology · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueInflammatory Bowel Disease
Établissements canadiensMcMaster UniversityUniversity of OttawaHôpital Maisonneuve-RosemontBC Children's HospitalUniversity of TorontoSickKids FoundationHospital for Sick ChildrenChildren's Hospital of Eastern OntarioUniversity of CalgaryUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMicrobiomeCalprotectinSubclinical infectionMultiplexCohortProspective cohort studyImmunologyCrohn's diseaseMedicineDiseaseInternal medicineBiologyInflammatory bowel diseaseBioinformatics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background Healthy individuals within families with multiple affected members (multiplex families) with Crohn’s disease (CD) have a notably high risk of developing CD. No large prospective pre-disease cohort has assessed differences in preclinical intestinal inflammation, permeability, fecal microbiome, and genetics in healthy at-risk subjects from multiplex families. Purpose We aimed to assess differences in subclinical gut inflammation, genetic risk, gut barrier function, and fecal microbiota composition between first-degree relatives (FDRs) from families with 2 or more affected members (multiplex) and families with only one affected member (simplex). Also, we aimed to assess the risk of future CD onset in subjects from multiplex versus simplex families. Method We utilized the GEM Project cohort of healthy FDRs of CD patients. Subclinical gut inflammation was assessed using fecal calprotectin (FCP) at recruitment. Gut barrier function was assessed using the lactulose-to-mannitol ratio (LMR). For assessment of the CD-related genetic risk, CD-polygenic risk scores (CD-PRS) were calculated. Microbiome composition was assessed by sequencing fecal 16S ribosomal RNA. Generalized estimating equations logistic regression and LEfSe (PMID: 21702898) were used to assess the associations between multiplex status and different outcomes. A Cox proportional hazards model was used to assess time-related risk of future onset of CD. Result(s) 4385 subjects were included. Median age was 17 [IQR 12-24] years, 52.9% were female, 69.4% were siblings and 30.6% were offspring. 4052 (92.4%) and 333 (7.6 %) were simplex and multiplex subjects, respectively. After adjusting for age, sex, family size, and relation to proband, multiplex status was significantly associated with higher baseline FCP (p=0.038), but was not associated with either baseline LMR or CD-PRS (p=0.19 and p=0.33, respectively). We found no significant differences in alpha diversity (Shannon index) (p=0.57) between simplex and multiplex subjects. Beta diversity analysis assessed by the Bray-Curtis dissimilarity index did not reveal significant differences (R2=3e-04, p=0.607). The genera Eisenbergiella, Eggerthellaceae uncultured, and Morganella, were significantly more abundant in multiplex subjects, whereas Lachnospira, Sutterella, Lachnospiraceae_NK4A136_group, and Lachnospiraceae_UCG_004 less abundant. The risk of CD onset was significantly higher in multiplex subjects. In multivariable analysis, multiplex status at recruitment was associated with increased risk of CD onset (adjusted HR 3.41, 95% CI 1.70-6.87, p=0.00055), after adjusting for demographics, FCP, LMR, and CD-PRS. Conclusion(s) Multiplex status compared to simplex is associated with a 3.4-fold increased risk of CD onset, a higher FCP, and fecal bacterial composition. A comprehensive assessment of environmental factors that increase CD risk in multiplex families remains to be elucidated in future studies. Disclosure of Interest None Declared

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,029

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0090,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,241
Écart entre enseignants0,223 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission1
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