Broad-host-range lytic Erwinia phage Key with exopolysaccharide degrading activity
Notice bibliographique
Résumé
In this study, the genome of the lytic broad-host-range phage Key infecting Erwinia amylovora, Erwinia horticola, and Pantoea agglomerans strains was characterized. Key phage has a 115,651 bp long double-stranded DNA genome with the G + C ratio of 39.03%, encoding 182 proteins and 27 tRNA genes. The majority (69%) of predicted coding sequences (CDSs) encode proteins with unknown functions. The protein products of 57 annotated genes were found to have probable functions in nucleotide metabolism, DNA replication, recombination, repair, and packaging, virion morphogenesis, phage-host interaction and lysis. Furthermore, the product of gene 141 shared amino acid sequence similarity and conserved domain architecture with the exopolysaccharide (EPS) degrading proteins of Erwinia and Pantoea infecting phages as well as bacterial EPS biosynthesis proteins. Due to the genome synteny and similarity to the proteins of T5-related phages, phage Key, together with its closest relative, Pantoea phage AAS21, was suggested to represent a novel genus within the Demerecviridae family, for which we tentatively propose the name "Keyvirus".
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».