MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4324145746 · doi:10.1101/2023.03.08.23286773

Association of rare variants in <i>ARSA</i> with Parkinson’s disease

2023· preprint· en· W4324145746 sur OpenAlexafffund
Konstantin Senkevich, Mariia Beletskaia, Aliza Dworkind, Eric Yu, Jamil Ahmad, Jennifer A. Ruskey, Farnaz Asayesh, Dan Spiegelman, Stanley Fahn, Cheryl Waters, Oury Monchi, Yves Dauvilliers, Nicolas Dupré, Lior Greenbaum, Sharon Hassin‐Baer, Ilya O. Nagornov, Alexandr Tyurin, Irina Miliukhina, Alla Timofeeva, Anton Emelyanov, Ekaterina Zakharova, Roy N. Alcalay, Sofya Pchelina, Ziv Gan‐Or

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA regulation and disease
Établissements canadiensUniversity of CalgaryMcGill UniversityUniversité LavalMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesIdorsia PharmaceuticalsNational Institutes of HealthCanada First Research Excellence FundConsortium canadien en neurodégénérescence associée au vieillissementParkinson CanadaCompute CanadaMcGill UniversityCelgeneParkinson's FoundationPfizerSanofiNational Institute of Neurological Disorders and StrokeVerily Life SciencesBrookdale FoundationMichael J. Fox Foundation for Parkinson's ResearchFoundation for the National Institutes of Health
Mots-clésAssociation (psychology)Parkinson's diseaseDiseaseMedicineGeneticsInternal medicineBiologyPsychology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background Several lysosomal genes are associated with Parkinson’s disease (PD), yet the association between PD and ARSA , which encodes for the enzyme arylsulfatase A, remains controversial. Objectives To evaluate the association between rare ARSA variants and PD. Methods To study possible association of rare variants (minor allele frequency&lt;0.01) in ARSA with PD, we performed burden analyses in six independent cohorts with a total of 5,801 PD patients and 20,475 controls, using optimized sequence Kernel association test (SKAT-O), followed by a meta-analysis. Results We found evidence for an association between functional ARSA variants and PD in four independent cohorts (P≤0.05 in each) and in the meta-analysis (P=0.042). We also found an association between loss-of-function variants and PD in the UKBB cohort (P=0.005) and in the meta-analysis (P=0.049). However, despite replicating in four independent cohorts, these results should be interpreted with caution as no association survived correction for multiple comparisons. Additionally, we describe two families with potential co-segregation of the ARSA variant p.E384K and PD. Conclusions Rare functional and loss-of-function ARSA variants may be associated with PD. Further replication in large case-control cohorts and in familial studies is required to confirm these associations.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,581

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,244
Écart entre enseignants0,231 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuemedRxivMême sujetRNA regulation and diseaseTravaux en français237 207