Neofunctionalization of tandem duplicate genes encoding putative β-L-arabinofuranosidases in Arabidopsis
Notice bibliographique
Résumé
Tandem duplication, one of the major types of duplication, provides the raw material for the evolution of divergent functions. In this study, we identified 1 pair of tandem duplicate genes (AT5G12950 and AT5G12960) in Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) that originated within the last 16 million years after the split of Arabidopsis from the Capsella-Boechera ancestor. We systematically used bioinformatic tools to redefine their putative biochemical function as β-L-arabinofuranosidases that release L-Arabinose from the β-L-Araf-containing molecules in Arabidopsis. Comprehensive transcriptomic and proteomic analyses using various datasets showed divergent expression patterns among tissues between the 2 duplicate genes. We further collected phenotypic data from 2 types of measurements to indicate that AT5G12950 and AT5G12960 have different roles resulting in divergent phenotypic effects. Overall, AT5G12950 and AT5G12960 represent putative β-L-arabinofuranosidase encoding genes in Arabidopsis. After duplication, 1 duplicate copy developed diverged biological functions and contributed to a different phenotypic evolution in Arabidopsis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».