Atg8 family proteins, LIR/AIM motifs and other interaction modes
Notice bibliographique
Résumé
The Atg8 family of ubiquitin-like proteins play pivotal roles in autophagy and other processes involving vesicle fusion and transport where the lysosome/vacuole is the end station. Nuclear roles of Atg8 proteins are also emerging. Here, we review the structural and functional features of Atg8 family proteins and their protein-protein interaction modes in model organisms such as yeast, Arabidopsis, C. elegans and Drosophila to humans. Although varying in number of homologs, from one in yeast to seven in humans, and more than ten in some plants, there is a strong evolutionary conservation of structural features and interaction modes. The most prominent interaction mode is between the LC3 interacting region (LIR), also called Atg8 interacting motif (AIM), binding to the LIR docking site (LDS) in Atg8 homologs. There are variants of these motifs like “half-LIRs” and helical LIRs. We discuss details of the binding modes and how selectivity is achieved as well as the role of multivalent LIR-LDS interactions in selective autophagy. A number of LIR-LDS interactions are known to be regulated by phosphorylation. New methods to predict LIR motifs in proteins have emerged that will aid in discovery and analyses. There are also other interaction surfaces than the LDS becoming known where we presently lack detailed structural information, like the N-terminal arm region and the UIM-docking site (UDS). More interaction modes are likely to be discovered in future studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».