Characteristics of <i>LDOX</i> Gene Structure Analysis and Construction of Protein Interaction Network in <i>Actinidia arguta</i>
Notice bibliographique
Résumé
The purpose of this study is to reveal the structure and function of the leucoanthocyanidin dioxygenase ( LDOX ) gene in Actinidia arguta . Bioinformatics methods were used to analyze the LDOX nucleotide and amino acid sequences of Actinidia arguta , construct the protein interaction network of LDOX gene, and conduct GO and KEGG functional annotation analysis. The results showed that there were 10 conserved motifs in Actinidia arguta , which was closely related to Vaccinium corymbosum , Lonicera japonica and Daucus carota . Cis-regulated elements were mainly involved in ABA signaling pathways, responding to drought response, anaerobic induction, gibberellic acid, auxin response factor, MeJA response, low temperature response, and photostimulus response. Physical and chemical properties and structural analysis of LDOX showed that it was hydrophilic protein, and no signal peptide and transmembrane structural regions were found, mainly including Ser phosphorylation sites (13), Thr phosphorylation sites (12) and Tyr phosphorylation sites (6). There were two O-glycosylation sites (Thr 4 and Thr 323 ) and Asn 107 of N- glycosylation sites at residues ranging from 107 to 109. There was a domain structure conservative in 48-347 bp was 20G-FeⅡ Oxy. The secondary structure main random coil (43.10%). There was a certain interaction between LDOX and proteins such as F3H, UFGT, FLS and PAL, which involved in flavonoid biosynthesis and metabolism process that plays an important role in plant-type vacuole membrane, and regulates the function of catalytic activity and redox active molecule. LDOX gene was highly conserved and plays an important regulatory role in progesterone pathway, which provides a theoretical basis for further research on the functional mechanism of LDOX gene in Actinidia arguta .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».