High-density linkage maps detail sex-specific regions of suppressed recombination near fusions of polymorphic chromosomes in purebred and hybrid North American Atlantic salmon (<i>Salmo salar</i> L.)
Notice bibliographique
Résumé
The North American (NA) Atlantic salmon typically has 27 pairs of chromosomes, whereas the European (EU) subspecies typically has 29. We investigated within-family recombination within three previously identified chromosome rearrangements ( Ssa01p/23, Ssa08/29, and Ssa26/28) in NA Atlantic salmon by creating high-density linkage maps using a custom 50K SNP chip developed for the Saint John River aquaculture strain. Linkage maps created for individual purebred and EU hybrid parents in 10 full-sibling families averaged 14 337 SNPs per cross, covering 43 033 SNPs from the 50K SNP chip. Chromosomal translocation Ssa01p/23 was fixed except in one hybrid female map. In contrast, fusion Ssa08/29 was present in maps in 4 out of 10 females and 8 out of 10 males, whereas fusion Ssa26/28 was present in maps in 6 out of 10 females and 8 out of 10 males. The orientation of Ssa08/29 differed from the previous map; the short arm of the metacentric Ssa08 was fused to the centromere of the acrocentric Ssa29. We detected large regions of recombination suppression in female maps at the fusion of Ssa08 to Ssa29. This suppression may reduce the impacts of aneuploidy resulting from pairing of fused and unfused chromosomes, thereby allowing the persistence of chromosomal polymorphisms in this population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».