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Enregistrement W4360605228 · doi:10.1101/2023.03.20.533468

Compromised beta-cell identity in type 2 diabetes

2023· preprint· en· W4360605228 sur OpenAlexaff
Pritha Dutta, Nadège Merabet, Rick Quax, Françoise Carlotti, P.M.A. Sloot

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePancreatic function and diabetes
Établissements canadiensUniversity of Waterloo
Organismes subventionnairesHorizon 2020 Framework ProgrammeNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekUniversiteit van AmsterdamZonMw
Mots-clésPDX1Beta cellInsulinTranscription factorDownregulation and upregulationBiologyCell biologyBETA (programming language)FOXO1CellTranscription (linguistics)SecretionType 2 diabetesEndocrinologyInternal medicineGeneDiabetes mellitusIsletMedicineGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Compromised beta-cell identity is emerging as an important contributor of beta-cell dysfunction in type 2 diabetes (T2D). Several studies suggest that hyperglycemia induces the inactivation of transcription factors involved in mature beta-cell identity. More specifically, chronic hyperglycemia leads to the downregulation of PDX1 and MAFA, two important beta-cell identity transcription factors and regulators of insulin promoter activity. Regulation of these transcription factors depends on interactions between multiple signaling cascades and processes driven by complex non-linear dynamics and taking place in different cellular compartments. To better understand these non-linear dynamics, we developed an integrated mathematical model of the underlying mechanisms regulating these key transcription factors. Our model was able to reproduce experimentally measured variations in the levels of PDX1, MAFA and insulin mRNA under different glucose concentrations. We used this model to simulate scenarios that could allow to restore PDX1 and MAFA levels and therefore insulin gene expression. From these simulations, FOXO1 emerged as an important target for the restoration of beta-cell identity. Author summary Glucose regulation depends on the secretion of insulin by beta-cells and uptake of glucose by the peripheral cells mediated by the action of insulin. In type 2 diabetes both aspects can be compromised. Defective insulin secretion results from compromised beta-cell function. One of the reasons behind compromised beta-cell function is that beta-cells fail to express one or more of the genes involved in insulin production and secretion and thus maintenance of beta-cell identity. The processes involved in the regulation of insulin production and secretion are complex. In this work, we are particularly interested in the role and downregulation of transcription factors, PDX1 and MAFA, which are critical regulators of insulin production, in relation with compromised beta-cell identity and function in the presence of chronic hyperglycemia. To understand better these complex processes, we use mathematical modelling which enables to generate hypotheses and simulate scenarios to extend our understanding of the mechanisms leading to compromised beta-cell function in the presence of chronic hyperglycemia. Our model and similar models can serve to identify therapeutical targets in beta-cells in order to restore their function.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,026
Tête enseignante GPT0,251
Écart entre enseignants0,225 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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