CRISPRi-Mediated Silencing of <i>Burkholderia</i> O-Linked Glycosylation Systems Enables the Depletion of Glycosylation Yet Results in Modest Proteome Impacts
Notice bibliographique
Résumé
The process of O-linked protein glycosylation is highly conserved across the Burkholderia genus and mediated by the oligosaccharyltransferase PglL. While our understanding of Burkholderia glycoproteomes has increased in recent years, little is known about how Burkholderia species respond to modulations in glycosylation. Utilizing CRISPR interference (CRISPRi), we explored the impact of silencing of O-linked glycosylation across four species of Burkholderia; Burkholderia cenocepacia K56-2, Burkholderia diffusa MSMB375, Burkholderia multivorans ATCC17616, and Burkholderia thailandensis E264. Proteomic and glycoproteomic analyses revealed that while CRISPRi enabled inducible silencing of PglL, this did not abolish glycosylation, nor recapitulate phenotypes such as proteome changes or alterations in motility that are associated with glycosylation null strains, despite inhibition of glycosylation by nearly 90%. Importantly, this work also demonstrated that CRISPRi induction with high levels of rhamnose leads to extensive impacts on the Burkholderia proteomes, which without appropriate controls mask the impacts specifically driven by CRISPRi guides. Combined, this work revealed that while CRISPRi allows the modulation of O-linked glycosylation with reductions up to 90% at a phenotypic and proteome levels, Burkholderia appears to demonstrate a robust tolerance to fluctuations in glycosylation capacity.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».