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Enregistrement W4362466334 · doi:10.31665/jfb.2023.18341

Biomolecular interactions and inhibition kinetics of human soluble epoxide hydrolase by tetrapeptide YMSV

2023· article· en· W4362466334 sur OpenAlexafffund
Joy I. Obeme-Nmom, Raliat O. Abioye, Toluwase Hezekiah Fatoki, Chibuike C. Udenigwe

Notice bibliographique

RevueJournal of Food Bioactives · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEicosanoids and Hypertension Pharmacology
Établissements canadiensUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesUniversity of Ottawa
Mots-clésEpoxide hydrolase 2TetrapeptideChemistryIC50StereochemistryPeptideHydrogen bondDocking (animal)KineticsCircular dichroismEnzymeBiochemistryIn vitroMoleculeOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Soluble epoxide hydrolase (sEH) contributes to the pathophysiology of neurodegenerative diseases by decreasing the epoxyeicosatrienoic acids/dihydroeicosatrienoic acids ratio and influencing the anti-inflammatory system. Thus, sEH inhibition reduces systemic inflammation, particularly in the brain. This study investigated sEH inhibition by a tetrapeptide, YMSV, and its mechanism of action. Enzyme inhibition kinetics demonstrated that YMSV is a mixed-competitive inhibitor of sEH, with a half-maximal inhibitory concentration (IC50) of 179.5 ± 0.92 µM. Secondary structural analysis of sEH by circular dichroism showed that YMSV decreased the α-helices by 7.7% and increased the β-sheets and random coils by 11.4% and 22%, respectively. Molecular docking simulation indicated that YMSV formed a hydrogen bond with the Asp333 residue of the hydrolase pocket of sEH in addition to the binding of non-active site residues. The findings provide new insights into the mechanism of sEH inhibition by YMSV and its potential as a peptide-based anti-depressant nutraceutical.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,291
Écart entre enseignants0,275 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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