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Enregistrement W4362664032 · doi:10.1038/s41597-023-01946-1

Data and Tools Integration in the Canadian Open Neuroscience Platform

2023· article· en· W4362664032 sur OpenAlexafffundabout
Jean‐Baptiste Poline, Samir Das, Tristan Glatard, Cécile Madjar, Erin W. Dickie, Xavier Lecours, Thomas Beaudry, Natacha Beck, Brendan Behan, Shawn T. Brown, David Bujold, Michael J. S. Beauvais, B. Caron, Candice Czech, Moyez Dharsee, Mathieu Dugré, Kenneth Evans, Tom Gee, Giulia Ippoliti, Gregory Kiar, Bartha Maria Knoppers, Tristan Kuehn, Diana Le, Derek Lo, Mandana Mazaheri, D.R. MacFarlane, Naser Muja, Emmet A. O’Brien, Liam O’Callaghan, Santiago Paiva, Patrick Park, Darcy Quesnel, Henri Rabelais, Pierre Rioux, Mélanie Legault, Jennifer Tremblay‐Mercier, David Rotenberg, Jessica Stone, Ted Strauss, Ksenia Zaytseva, Joey Tianyi Zhou, Simon Duchesne, Ali R. Khan, Sean Hill, Alan C. Evans

Notice bibliographique

RevueScientific Data · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineDecision Sciences
ThématiqueScientific Computing and Data Management
Établissements canadiensDouglas Mental Health University InstituteRobarts Clinical TrialsConcordia UniversityMcGill University and Génome Québec Innovation CentreIndoc ResearchOntario Brain InstituteKrembil FoundationMcGill University Health CentreMcGill UniversityUniversity of TorontoWestern UniversityMcGill Genome CentreMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesInstitut de Cardiologie de MontréalUniversity of TorontoMcGill UniversitySimon Fraser UniversityNational Institutes of HealthCanada First Research Excellence FundCanada Research ChairsHealth CanadaGovernment of OntarioConcordia UniversityRéseau en Bio-Imagerie du QuebecCompute CanadaNational Institute of Mental HealthOntario Brain InstituteFondation Brain CanadaNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringUniversité Laval
Mots-clésComputer scienceMetadataData sharingWorld Wide WebReuseData scienceSoftwareOpen sciencePoint (geometry)Data managementOpen dataDatabaseOperating system

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We present the Canadian Open Neuroscience Platform (CONP) portal to answer the research community's need for flexible data sharing resources and provide advanced tools for search and processing infrastructure capacity. This portal differs from previous data sharing projects as it integrates datasets originating from a number of already existing platforms or databases through DataLad, a file level data integrity and access layer. The portal is also an entry point for searching and accessing a large number of standardized and containerized software and links to a computing infrastructure. It leverages community standards to help document and facilitate reuse of both datasets and tools, and already shows a growing community adoption giving access to more than 60 neuroscience datasets and over 70 tools. The CONP portal demonstrates the feasibility and offers a model of a distributed data and tool management system across 17 institutions throughout Canada.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,010
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,020
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesScience ouverte
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,995
Score d'incertitude au seuil0,297

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0100,020
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0140,022
Études des sciences et des technologies0,0080,003
Communication savante0,0120,008
Science ouverte0,0050,015
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0110,006

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,730
Tête enseignante GPT0,497
Écart entre enseignants0,233 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2023
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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