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Enregistrement W4365512210 · doi:10.1158/1538-7445.am2023-ct278

Abstract CT278: <i>ERBB2</i> amplification detected in ctDNA as a surrogate for tumor tissue FISH analysis of HER2 status in a phase 1 study with zanidatamab for the treatment of locally advanced or metastatic HER2 expressing cancers

2023· article· en· W4365512210 sur OpenAlexaff
Diana Shpektor, Daryanaz Dargahi, Antonios Samiotakis, Sara Wienke, Ali Livernois, Arielle Yablonovitch, Geethika Yalamanchili, Elaina M. Gartner, Funda Meric‐Bernstam

Notice bibliographique

RevueCancer Research · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensZymeworks (Canada)
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésConcordanceCancerGene duplicationCancer researchBreast cancerMedicineCopy-number variationBiologyColorectal cancerGeneOncologyInternal medicineGenomeGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background: HER2-targeted therapies have substantially improved outcomes for patients with HER2-positive breast and gastric cancers. Several other cancers exhibit HER2 expression and/or amplification of its gene (ERBB2), suggesting that HER2-targeted agents may have broader therapeutic utility. Zanidatamab is a humanized, novel bispecific antibody directed against two non-overlapping domains of HER2. The aim of this Phase 1 dose-escalation and expansion study (NCT02892123) was to evaluate the safety and efficacy of zanidatamab across a range of solid tumors. Parallel to drug development, there has been rapid advancements in NGS technologies including the Guardant360 assay that can specifically sequence ctDNA and detect amplifications of the ERBB2 gene, which can lead to overexpression of HER2. FISH, the current gold standard for HER2 amplification detection, is a tissue-based assay that assesses the raw ERBB2 copy number as well as ratio of ERBB2 to a centromeric protein of chromosome 17 where the ERBB2 gene resides. We evaluated concordance of the FISH and Guardant360 assays to detect ERBB2 amplification in plasma samples. Unlike gene copy number in tissue analysis, the observed plasma copy number (pCN) is also a function of the tumor burden and rate of tumor shedding of ctDNA into the bloodstream. Methods: HER2 status was determined from a fresh tumor biopsy or in archival FFPE tissue samples by IHC and FISH according to ASCO-CAP guidelines from the Phase 1 study with zanidatamab in multiple cancer types (cholangiocarcinoma [21], colorectal carcinoma [27], all other [87]). Plasma samples were collected prior to the first cycle of zanidatamab and on-treatment for testing with Guardant360, 74 gene ctDNA NGS-based assays. Results: A concordance of 82% was observed in ERBB2/HER2 amplifications between the Guardant360 and FISH assays. An exploratory adjustment method based on tumor DNA shedding was developed by Guardant using the maximum mutant allele fraction (maxVAF) as a surrogate for tumor content. Majority of patients experienced a decrease in HER2 pCN post treatment, with 9 PD patients having the least and 21 PR patients the largest changes in ctDNA fraction (maxVAF). Conclusion: These results indicate that ERBB2 amplification detected by the Guardant360 assay could be used as a surrogate for FISH analysis in lieu of invasive surgical procedures. Citation Format: Diana Shpektor, Daryanaz Dargahi, Antonios Samiotakis, Sara Wienke, Ali Livernois, Arielle Yablonovitch, Geethika Yalamanchili, Elaina Gartner, Funda Meric-Bernstam. ERBB2 amplification detected in ctDNA as a surrogate for tumor tissue FISH analysis of HER2 status in a phase 1 study with zanidatamab for the treatment of locally advanced or metastatic HER2 expressing cancers [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2023; Part 2 (Clinical Trials and Late-Breaking Research); 2023 Apr 14-19; Orlando, FL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2023;83(8_Suppl):Abstract nr CT278.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,015

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,067
Tête enseignante GPT0,432
Écart entre enseignants0,365 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission1
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