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Enregistrement W4366525787 · doi:10.1136/gutjnl-2023-329689

Genetic coding variant in complement factor B (CFB) is associated with increased risk for perianal Crohn’s disease and leads to impaired CFB cleavage and phagocytosis

2023· review· en· W4366525787 sur OpenAlexaff
Marzieh Akhlaghpour, Talin Haritunians, Shyam K. More, Lisa Thomas, Dalton T. Stamps, Shishir Dube, Dalin Li, Shaohong Yang, Carol J. Landers, Emebet Mengesha, Hussein Hamade, Ramachandran Murali, Alka A. Potdar, Andrea J. Wolf, Gregory J. Botwin, Michelle Khrom, Ashwin N. Ananthakrishnan, William A. Faubion, Bana Jabrì, Sérgio A. Lira, Rodney D. Newberry, Robert S. Sandler, R. Balfour Sartor, Ramnik J. Xavier, Steven R. Brant, Judy H. Cho, Richard H. Duerr, Mark Lazarev, John D. Rioux, L. Philip Schumm, Mark S. Silverberg, Karen Zaghiyan, Phillip Fleshner, Gil Melmed, Eric A. Vasiliauskas, Christina Ha, Shervin Rabizadeh, Gaurav Syal, Nirupama Bonthala, David Ziring, Stephan R. Targan, Millie D. Long, Dermot McGovern, Kathrin S. Michelsen

Notice bibliographique

RevueGut · 2023
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueInflammatory Bowel Disease
Établissements canadiensUniversity of TorontoMount Sinai HospitalUniversité de Montréal
Organismes subventionnairesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesInflammatory Bowel and Immunobiology Research InstituteCedars-Sinai Medical CenterFrancis Crick InstituteLeona M. and Harry B. Helmsley Charitable Trust
Mots-clésCrohn's diseaseComplement factor BComplement systemImmunologyFactor HCoding (social sciences)MedicineBiologyDiseaseVirologyInternal medicineAntibodyMathematicsStatistics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Objective Perianal Crohn’s disease (pCD) occurs in up to 40% of patients with CD and is associated with poor quality of life, limited treatment responses and poorly understood aetiology. We performed a genetic association study comparing CD subjects with and without perianal disease and subsequently performed functional follow-up studies for a pCD associated SNP in Complement Factor B ( CFB ). Design Immunochip-based meta-analysis on 4056 pCD and 11 088 patients with CD from three independent cohorts was performed. Serological and clinical variables were analysed by regression analyses. Risk allele of rs4151651 was introduced into human CFB plasmid by site-directed mutagenesis. Binding of recombinant G252 or S252 CFB to C3b and its cleavage was determined in cell-free assays. Macrophage phagocytosis in presence of recombinant CFB or serum from CFB risk, or protective CD or healthy subjects was assessed by flow cytometry. Results Perianal complications were associated with colonic involvement, OmpC and ASCA serology, and serology quartile sum score. We identified a genetic association for pCD (rs4151651), a non-synonymous SNP (G252S) in CFB , in all three cohorts. Recombinant S252 CFB had reduced binding to C3b, its cleavage was impaired, and complement-driven phagocytosis and cytokine secretion were reduced compared with G252 CFB. Serine 252 generates a de novo glycosylation site in CFB. Serum from homozygous risk patients displayed significantly decreased macrophage phagocytosis compared with non-risk serum. Conclusion pCD-associated rs4151651 in CFB is a loss-of-function mutation that impairs its cleavage, activation of alternative complement pathway, and pathogen phagocytosis thus implicating the alternative complement pathway and CFB in pCD aetiology.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,653
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,037
Tête enseignante GPT0,303
Écart entre enseignants0,266 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations22
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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