Molecular evidence about ancestral origin, colonization patterns, and phylogenetic diversity of Coffea arabica, with insights in Latin America
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Coffee is one of the most widely consumed agricultural products worldwide. The most well-known coffee species in the market are Coffea arabica and Coffea canephora. Currently, 42 varieties are recognized within C. arabica, but strangely, with very low levels of intraspecific genetic diversity despite its worldwide geographical distribution. In addition, little is known about its phylogeographical history. Although there exist descriptive hypotheses of worldwide colonization patterns and origin for C. arabica (by Ferreira et al. in 2019), none of them are molecularly supported. In this study, data mining and bioinformatic approaches, allowing to collect DNA sequences of the Internal Transcribed Spacer (ITS) region available up to date. All sequences were analyzed under the Relaxed-Random-Walk (RRW) methodology, aiming to estimate ancestral areas and spatiotemporal dispersion patterns, with South American insights. ITS was also used with Single Locus Species Discovery (SLSD) methodology, which allows the delimitation of putative lineages/species (cryptic diversity). RRW supported that the origin and the genetic diversity center of C. arabica species took place between Ethiopia and South Sudan. The study also found evidence of five colonization events and the dispersion of the species within Latin America. SLSD estimated two to 12 cryptic lineages/species within C. arabica depending on the algorithm used; with Latin America being home to two to six of these lineages. The results suggest that the evolutionary history and global dispersion of C. arabica is more complex than historians have registered, showing intermediary regions and ancestors unpublished nowadays, as well as a cryptic diversity being underestimated.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».