Metabarcoding fecal samples to investigate spatiotemporal variation in the diet of the endangered Westland Petrel ( Procellaria westlandica )
Notice bibliographique
Résumé
As top predators, seabirds can be indirectly impacted by climate variability and commercial fishing activities through changes in marine communities. However, high mobility and foraging behavior enable seabirds to exploit prey distributed patchily in time and space. Despite this environmental adaptability, seabirds are the world’s most threatened birds and there is, therefore, an urge to acquire information about their ecological and foraging requirements through the study of their diet. Traditionally, the diet of seabirds is assessed through the morphological identification of prey remains in regurgitates. This sampling method is invasive for the bird and limited in terms of taxonomic resolution. However, the recent progress in DNA-based approaches is now providing a noninvasive means to more comprehensively and accurately characterize animal diets. We used a noninvasive metabarcoding approach to characterize the diet of the Westland Petrel (Procellaria westlandica), which is an endangered burrowing species, endemic to the South Island of New Zealand. We collected 99 fresh fecal samples in 2 different seasons and in 2 different subcolonies. Our aim was to describe the Westland Petrel’s diet and to investigate seasonal and spatial variations to their diet to understand the feeding requirements of this species. We also specifically investigated potential links with the New Zealand fishery industry to inform efficient conservation practices. Our noninvasive dietary DNA (dDNA) approach also highlighted significant differences in diet between seasons (incubation vs. chick-rearing season) and between sampling sites (two subcolonies 1.5 km apart). This suggests plasticity in the foraging strategy of the Westland Petrel. We found that amphipods were the most common prey, followed by cephalopods, and fish. Our findings could be the result of natural foraging behavior but also suggest a close link between the composition of prey items and New Zealand’s commercial fishing activities. In particular, the high abundance of amphipods could be the result of Westland Petrels feeding on discarded fisheries waste (fish guts). This close relationship to New Zealand’s fisheries may put stress on the resilience of the Westland Petrel. This valuable knowledge about Westland Petrel foraging needs is key to design efficient conservation plans for this iconic species. We illustrate how dDNA can inform the conservation of endangered or at-risk species that have elusive foraging behaviors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».