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Enregistrement W4367368671 · doi:10.1101/2023.04.28.538770

A transposase-derived gene required for human brain development

2023· preprint· en· W4367368671 sur OpenAlexafffund
Luz Jubierre, Sara A. Lewis, Rodrigo Lopez Gutierrez, Makiko Yamada, Elias Rodríguez-Fos, Mercè Planas-Fèlix, Daniel Cameron, Phillip Demarest, Anika Nabila, Helen Mueller, Junfei Zhao, Paul Bergin, Casie Reed, Tzippora Chwat-Edelstein, Alex M. Pagnozzi, Caroline Nava, Emilie Bourel-Ponchel, Patricia Cornejo, Ali Dursun, Rıza Köksal Özgül, Halil Tuna Akar, Reza Maroofian, Henry Houlden, Huma Arshad Cheema, Muhammad Nadeem Anjum, Giovanni Zifarelli, Miriam Essid, Meriem Ben Hafsa, Hanène Benrhouma, Carolina Isabel Galaz Montoya, Alex Proekt, Xiaolan Zhao, Nicholas D. Socci, Matthew Hayes, Yves Bigot, Raúl Rabadán, David Torrents, Claudia L Kleinmann, Michael C. Kruer, Miklós Tóth, Alex Kentsis

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueChromosomal and Genetic Variations
Établissements canadiensJewish General HospitalMcGill University
Organismes subventionnairesLOEWE Zentrum AdRIANational Institutes of HealthPershing Square Sohn Cancer Research AllianceCompute CanadaCanadian Institutes of Health ResearchG. Harold and Leila Y. Mathers Foundation
Mots-clésBiologyTransposable elementTransposaseGeneVertebrateGeneticsEpigeneticsSomatic cellGenomeDNA methylationGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

DNA transposable elements and transposase-derived genes are present in most living organisms, including vertebrates, but their function is largely unknown. PiggyBac Transposable Element Derived 5 (PGBD5) is an evolutionarily conserved vertebrate DNA transposase-derived gene with retained nuclease activity in human cells. Vertebrate brain development is known to be associated with prominent neuronal cell death and DNA breaks, but their causes and functions are not well understood. Here, we show that PGBD5 contributes to normal brain development in mice and humans, where its deficiency causes disorder of intellectual disability, movement, and seizures. In mice, Pgbd5 is required for the developmental induction of post-mitotic DNA breaks and recurrent somatic genome rearrangements. In the brain cortex, loss of Pgbd5 leads to aberrant differentiation and gene expression of distinct neuronal populations, including specific types of glutamatergic neurons, which explains the features of PGBD5 deficiency in humans. Thus, PGBD5 might be a transposase-derived enzyme required for brain development in mammals.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,042
Tête enseignante GPT0,234
Écart entre enseignants0,192 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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