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Enregistrement W4367595694 · doi:10.1101/2023.05.01.538918

High pathogenicity avian influenza (H5N1) in Northern Gannets: Global spread, clinical signs, and demographic consequences

2023· preprint· en· W4367595694 sur OpenAlexafffundabout
Jude V. Lane, Jana W. E. Jeglinski, Stephanie Avery‐Gomm, Elmar Ballstaedt, Ashley C. Banyard, Tatsiana Barychka, Ian H. Brown, Brigitte Brugger, Tori V. Burt, Noah G. Careen, Johan H Funder Castenschiold, Signe Christensen‐Dalsgaard, Shannon Clifford, Sydney M. Collins, Emma J. A. Cunningham, Jóhannis Danielsen, Francis Daunt, Kyle J. N. d’Entremont, Parker Doiron, Steven Duffy, Matthew D. English, Marco Falchieri, Jolene A. Giacinti, Britt Gjerset, Silje Granstad, David Grémillet, Magella Guillemette, Gunnar Þór Hallgrímsson, Keith C. Hamer, Sjúrður Hammer, Katherine Harrison, Justin D Hart, Ciaran Hatsell, Richard Humpidge, Joe James, Audrey Jenkinson, Mark Jessopp, Megan Jones, Stéphane Lair, Tom Lewis, Alexandra A. Malinowska, Aly McCluskie, Gretchen McPhail, Børge Moe, William A. Montevecchi, Greg Morgan, Caroline Nichol, Craig Nisbet, Bergur Olsen, Jennifer F. Provencher, Pascal Provost, Alex Purdie, Jean‐François Rail, Gregory J. Robertson, Yannick Seyer, Maggie Sheddan, Catherine Soos, Nia Stephens, Hallvard Strøm, Vilhjálmur Svansson, T. David Tierney, Glen Tyler, Tom Wade, Sarah Wanless, Christopher R. E. Ward, Sabina I. Wilhelm, Saskia Wischnewski, Lucy J. Wright, Bernie Zonfrillo, Jason Matthiopoulos, Stephen C. Votier

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueInfluenza Virus Research Studies
Établissements canadiensUniversité de MontréalUniversity of Prince Edward IslandMemorial University of NewfoundlandUniversité du Québec à RimouskiEnvironment and Climate Change Canada
Organismes subventionnairesNatural Environment Research CouncilBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilFisheries and Oceans CanadaDirectorate for Biological SciencesScotland’s Rural CollegeNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaUniversity of EdinburghSight Research UKDepartment for Environment, Food and Rural Affairs, UK Government
Mots-clésOutbreakInfluenza A virus subtype H5N1BiologyPopulationSerologyWaterfowlSeabirdGeographyZoologyEcologyDemographyVirusVirologyHabitatPredationAntibodyImmunology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract During 2021-22 High Pathogenicity Avian Influenza (HPAI) killed thousands of wild birds across Europe and North America, suggesting a change in infection dynamics and a shift to new hosts, including seabirds. Northern Gannets ( Morus bassanus ) appeared especially severely impacted, but limited understanding of how the virus spread across the metapopulation, or the demographic consequences of mass mortality limit our understanding of its severity. Accordingly, we collate information on HPAIV outbreaks across most North Atlantic gannet colonies and for the largest colony (Bass Rock, UK), provide impacts on population size, breeding success, adult survival, and preliminary results on serology. Unusually high numbers of dead gannets were first noted in Iceland during April 2022. Outbreaks in May occurred in many Scottish colonies, followed by colonies in Canada, Germany and Norway. By the end of June, outbreaks had occurred in five Canadian colonies and in the Channel Islands. Outbreaks in 12 UK and Ireland colonies appeared to follow a clockwise pattern with the last infected colonies recorded in late August/September. Unusually high mortality was recorded at 40 colonies (75% of global total colonies). Dead birds testing positive for HPAIV H5N1 were associated with 58% of these colonies. At Bass Rock, the number of occupied sites decreased by at least 71%, breeding success declined by ∼66% compared to the long-term UK mean and adult survival between 2021 and 2022 was 42% lower than the preceding 10-year average. Serological investigation detected antibodies specific to H5 in apparently healthy birds indicating that some gannets recover from HPAIV infection. Further, most of these recovered birds had black irises, suggestive of a phenotypic indicator of previous infection. Untangling the impacts of HPAIV infection from other key pressures faced by seabirds is key to establishing effective conservation strategies for threatened seabird populations, HPAIV being a novel and pandemic threat.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,019
Score d'incertitude au seuil0,999

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,002
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,077
Tête enseignante GPT0,346
Écart entre enseignants0,269 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations18
Publié2023
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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