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Enregistrement W4375955901 · doi:10.7554/elife.84396

Insights into cargo sorting by SNX32 and its role in neurite outgrowth

2023· article· en· W4375955901 sur OpenAlexaff
Jini Sugatha, Amulya Priya, Prateek Raj, Ebsy Jaimon, Uma Swaminathan, Anju Jose, Thomas J. Pucadyil, Sunando Datta

Notice bibliographique

RevueeLife · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSignaling Pathways in Disease
Établissements canadiensSickKids Foundation
Organismes subventionnairesScience and Engineering Research BoardDepartment of Biotechnology, Ministry of Science and Technology, IndiaIndian Institute of Science
Mots-clésCell biologyBasiginNeuriteAmphiphysinGene silencingTransport proteinBiologySorting nexinImmunoglobulin domainHEK 293 cellsMutantSignal transducing adaptor proteinReceptorChemistryIntracellularSignal transductionEndocytosisBiochemistryEndosomeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Sorting nexins (SNX) are a family of proteins containing the Phox homology domain, which shows a preferential endo-membrane association and regulates cargo sorting processes. Here, we established that SNX32, an SNX-BAR (Bin/Amphiphysin/Rvs) sub-family member associates with SNX4 via its BAR domain and the residues A226, Q259, E256, R366 of SNX32, and Y258, S448 of SNX4 that lie at the interface of these two SNX proteins mediate this association. SNX32, via its PX domain, interacts with the transferrin receptor (TfR) and Cation-Independent Mannose-6-Phosphate Receptor (CIMPR), and the conserved F131 in its PX domain is important in stabilizing these interactions. Silencing of SNX32 leads to a defect in intracellular trafficking of TfR and CIMPR. Further, using SILAC-based differential proteomics of the wild-type and the mutant SNX32, impaired in cargo binding, we identified Basigin (BSG), an immunoglobulin superfamily member, as a potential interactor of SNX32 in SHSY5Y cells. We then demonstrated that SNX32 binds to BSG through its PX domain and facilitates its trafficking to the cell surface. In neuroglial cell lines, silencing of SNX32 leads to defects in neuronal differentiation. Moreover, abrogation in lactate transport in the SNX32-depleted cells led us to propose that SNX32 may contribute to maintaining the neuroglial coordination via its role in BSG trafficking and the associated monocarboxylate transporter activity. Taken together, our study showed that SNX32 mediates the trafficking of specific cargo molecules along distinct pathways.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,008
Score d'incertitude au seuil0,438

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,246
Écart entre enseignants0,238 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations19
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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