Species divergence despite minimal morphological differentiation and habitat overlap in the <i>Patelloida saccharina</i> (Patellogastropoda: Lottiidae) species complex
Notice bibliographique
Résumé
Abstract We describe the current state of speciation in the species complex of the marine gastropod Patelloida saccharina, using mitochondrial COI, 16S RNA, nuclear histone 3 gene and single-nucleotide polymorphism (SNP) markers from 165 specimens collected from 37 localities across the Japanese archipelago. In total, 28 unique COI haplotypes, 16 16S haplotypes, 11 histone 3 haplotypes and 148 734 SNPs were obtained. Genetic assignments and phylogenetic trees recovered three genetically distinct lineages: P. saccharina saccharina, P. saccharina lanx and an unknown P. sp. from Shionomisaki, Wakayama Prefecture. The divergence between P. saccharina saccharina and P. saccharina lanx was estimated to have occurred around 44 000 years ago—too recent to have accumulated the morphological differences that have confounded taxonomic identification. Continuous gene exchange after an initial split is suggested based on demographic history analyses, which allowed for introgression of the P. saccharina lanx genome and the proliferation of intermediate individuals. Speciation, despite the existence of a contact zone in the Ryukyu Islands, possibly occurred due to the eventual reproductive isolation that followed the initial split with gene flow. Patelloida saccharina saccharina and P. saccharina lanx were strongly supported by our results as two separate species, and a revision of the current taxonomic descriptions based on their phylogeny, demographic history and species distribution is proposed.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».