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Enregistrement W4376167335 · doi:10.17615/jtnt-qj24

Genome-wide association analysis implicates dysregulation of immunity genes in chronic lymphocytic leukaemia

2020· article· en· W4376167335 sur OpenAlexfundno aff
Jacqueline Clavel, Robert J. Harris, Paolo Boffetta, Sílvia de Sanjosé, Guillem Clot, Larry Mansouri, Elı́as Campo, Paolo Vineis, Graham G. Giles, Susan L. Slager, Helen Marr, Rebecca D. Jackson, Lauren R. Teras, Richard S. Houlston, Paige M. Bracci, Inés Quintela, Lucía Conde, James R Bailey, Stephanie J. Weinstein, Bengt Glimelius, Roger L. Milne, Charles R. Lawrence, Neil E. Caporaso, Peter Kraft, Elizabeth A. Holly, Sonja I. Berndt, Henrik Hjalgrim, James McKay, Nathanial Rothman, Stephen J. Chanock, Zhaoming Wang, Christine F. Skibola, Mads Melbye, Sandrine Jayne, Daniel Catovsky, Chris Pepper, Yawei Zhang, Lucia Miligi, Georgina P. Sava, Alain Monnereau, David Martin‐García, Guy Pratt, Geoffrey Summerfield, Qing Lan, Marc Maynadié, Claire M. Vajdic, Martin J.S. Dyer, Lynn R. Goldin, David Allsup, Sı́lvia Beà, Aneela Majid, Brian K. Link, Nicola J. Camp, Alexandra Nieters, Giovanni Maria Ferri, Philip Law, Richard Rosenquist, Joseph F. Fraumeni, Graham Jackson, Karen Curtin, James M. Allan, Kenneth Offit, Pierluigi Cocco, Melissa C. Southey, Nicola J. Sunter, Brenda M. Birmann, Lindsay M. Morton, Karin E. Smedby, Sabine Topka, Andrew R. Pettitt, Yolanda Benavente, Tongzhang Zheng, Richard K. Severson, Roel Vermeulen, Wendy Cozen, Amy Holroyd, Elio Ríboli, Maria Grazia Ennas, Demetrius Albanes, Angela Brooks‐Wilson, Ángel Carracedo, Chris Fegan, Martha Glenn, John J. Spinelli, Timothy G. Call, W Ryan Diver, Mark Liebow, Mark P. Purdue, Kari E. North, Helen E. Speedy, Joseph Vijai, Paul Brennan, James R. Cerhan, Lesley F. Tinker, Claire Dearden, Tryfonia Mainou‐Fowler

Notice bibliographique

RevueUNC Libraries · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueChronic Lymphocytic Leukemia Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteCancer Council NSWMedical Research CouncilUniversity of Texas MD Anderson Cancer CenterInstitut National Du CancerCenters for Disease Control and PreventionNational Institutes of HealthAgence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du TravailLeukemia and Lymphoma ResearchNational Health and Medical Research CouncilJosé Carreras Leukämie-StiftungU.S. Public Health ServiceUniversity at BuffaloRegione Autonoma della SardegnaAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroFondation de FranceGeneralitat de CatalunyaCanadian Institutes of Health ResearchBundesamt für StrahlenschutzMedStar Health Research InstituteCancerfondenU.S. Department of Veterans AffairsCompagnia di San PaoloEuropean CommissionMinisterio de Economía y CompetitividadBundesministerium für Bildung und ForschungDivision of Cancer Epidemiology and Genetics, National Cancer InstituteHuntsman Cancer InstituteDivision of Cancer Prevention, National Cancer InstituteHealth Research BoardStockholms Läns LandstingUniversity of PittsburghUniversity of Southern CaliforniaMemorial Sloan-Kettering Cancer CenterWellcome TrustCancer Research UKOhio State UniversityInstituto de Salud Carlos IIIWake Forest UniversityYale UniversityKarolinska InstitutetUtah State UniversityLeukemia and Lymphoma SocietyUtah Department of HealthBrigham and Women's HospitalU.S. Department of Health and Human ServicesUniversity of California, San FranciscoMichael Smith Health Research BCCancer Council Victoria
Mots-clésGeneImmunityBiologyGenome-wide association studyGeneticsImmune dysregulationGenomeGenetic associationImmunologyImmune systemSingle-nucleotide polymorphismGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Several chronic lymphocytic leukaemia (CLL) susceptibility loci have been reported; however, much of the heritable risk remains unidentified. Here we perform a meta-analysis of six genome-wide association studies, imputed using a merged reference panel of 1,000 Genomes and UK10K data, totalling 6,200 cases and 17,598 controls after replication. We identify nine risk loci at 1p36.11 (rs34676223, P=5.04 × 10−13), 1q42.13 (rs41271473, P=1.06 × 10−10), 4q24 (rs71597109, P=1.37 × 10−10), 4q35.1 (rs57214277, P=3.69 × 10−8), 6p21.31 (rs3800461, P=1.97 × 10−8), 11q23.2 (rs61904987, P=2.64 × 10−11), 18q21.1 (rs1036935, P=3.27 × 10−8), 19p13.3 (rs7254272, P=4.67 × 10−8) and 22q13.33 (rs140522, P=2.70 × 10−9). These new and established risk loci map to areas of active chromatin and show an over-representation of transcription factor binding for the key determinants of B-cell development and immune response.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,173
Score d'incertitude au seuil0,993

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,268
Écart entre enseignants0,243 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
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Résumé présentoui

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