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Narcolepsy risk loci outline role of T cell autoimmunity and infectious triggers in narcolepsy
Hanna M. Ollila, Eilon Sharon, Ling Lin, Nasa Sinnott-Armstrong, Aditya Ambati, Selina Yogeshwar, Ryan P. Hillary, Otto Jolanki, Juliette Faraco, Mali Einen, Guo Luo, Jing Zhang, Fang Han, Han Yan, Xiao Song Dong, Jing Li, Jun Zhang, Seung‐Chul Hong, Tae Won Kim, Yves Dauvilliers, Lucie Barateau, Gert Jan Lammers, Rolf Fronczek, Geert Mayer, Joan Santamaría, Isabelle Arnulf, Stine Knudsen, May Kristin Lyamouri Bredahl, Per Medbøe Thorsby, Giuseppe Plazzi, Fabio Pizza, Monica Moresco, Catherine Crowe, Stephen K. Van Den Eeden, Michel Lecendreux, Patrice Bourgin, Takashi Kanbayashi, F Martínez-Orozco, Rosa Peraita‐Adrados, Antonio Benetó, Jacques Montplaisir, Alex Désautels, Yu‐Shu Huang, Thomas D. Als, Adam Ziemann, Ali Abbasi, Anne Lehtonen, Apinya Lertratanakul, Bridget Riley‐Gillis, Fedik Rahimov, Howard J. Jacob, Jeffrey F. Waring, Mengzhen Liu, Nizar Smaoui, Relja Popovic, Adam Platt, Athena Matakidou, Benjamin Challis, Dirk S. Paul, Glenda Lassi, Ioanna Tachmazidou, Antti Hakanen, Johanna Schleutker, Nina Pitkänen, Perttu Terho, Petri Virolainen, Arto Mannermaa, Veli‐Matti Kosma, Chia‐Yen Chen, Heiko Runz, Sally John, Sanni Lahdenperä, Stephanie Loomis, Susan Eaton, George Okafo, Heli Salminen‐Mankonen, Marc Jung, Nathan Lawless, Zhihao Ding, Joseph Maranville, Marla Hochfeld, Robert M. Plenge, Shameek Biswas, Masahiro Kanai, Mutaamba Maasha, Wei Zhou, Outi Tuovila, Raimo Pakkanen, Jari A. Laukkanen, Teijo Kuopio, Kristiina Aittomäki, Antti Mäkitie, Natalia Pujol, Triin Laisk, Katriina Aalto‐Setälä, Johanna Mäkelä, Marco Hautalahti, Sarah Smith, Tom Southerington, Eeva Kangasniemi, Henna Palin, Mika Kähönen, Sanna Siltanen, Tarja Laitinen, Felix Vaura, Jaana Suvisaari, Teemu Niiranen, Veikko Salomaa, Jukka Partanen, Mikko Arvas, Jarmo Ritari, Kati Hyvärinen, David F. Choy, Edmond Teng, Erich C. Strauss, Hao Chen, Hubert Chen, Jennifer L. Schutzman, Julie Hunkapiller, Mark I. McCarthy, Natalie Bowers, Rion Pendergrass, Tim Lu, Audrey Y. Chu, Diptee Kulkarni, Fanli Xu, Joanna Betts, John D. Eicher, Jorge Esparza Gordillo, Laura Addis, Linda McCarthy, Rajashree Mishra, Janet Kumar, Margaret G. Ehm, Kirsi Auro, David Pulford, Anne Pitkäranta, Anu Loukola, Eero Punkka, Malla-Maria Linna, Olli Carpén, Taneli Raivio, Joni A. Turunen, Tomi P. Mäkelä, Aino Salminen, Antti A. Aarnisalo, Daniel Gordin, David Rice, Erkki Isometsä, Eveliina Salminen, Heikki Joensuu, Ilkka Kalliala, Johanna Mattson, Juha Sinisalo, Jukka Koskela, Kari K. Eklund, Katariina Hannula‐Jouppi, Lauri A. Aaltonen, Marja‐Riitta Taskinen, Martti Färkkilâ, Minna Raivio, Oskari Heikinheimo, Pekka Nieminen, Pentti Tienari, Pirkko J. Pussinen, Sampsa Pikkarainen, Terhi Ollila, Timo P. Hiltunen, Tuomo J Meretoja, Tuula Salo, Ulla Palotie, Antti Palomäki, Jenni Aittokallio, Juha O. Rinne, Kaj Metsärinne, Klaus Elenius, Laura Pirilä, Leena Koulu, Markku Voutilainen, Riitta Lahesmaa, Roosa Kallionpää, Sirkku Peltonen, Tytti Willberg, Ulvi Kahraman Gürsoy, Varpu Jokimaa, Aarno Palotie, Anastasia Kytölä, Andrea Ganna, Anu Jalanko, Aoxing Liu, Arto Lehistö, Awaisa Ghazal, Elina Kilpeläinen, Elisabeth Widén, Elmo Saarentaus, Esa Pitkänen, Hannele Laivuori, Henrike Heyne, Huei-Yi Shen, Jaakko Kaprio, Joel Rämö, Juha Karjalainen, Juha Mehtonen, Jyrki Pitkänen, Kalle Pärn, Kati Donner, Katja Kivinen, L. Elisa Lahtela, Mari Niemi, Mari Kaunisto, Mart Kals, Mary Pat Reeve, Mervi Aavikko, Nina Mars, Oluwaseun Alexander Dada, Pietro Della Briotta Parolo, Priit Palta, Rigbe Weldatsadik, Risto Kajanne, Rodos Rodosthenous, Samuli Ripatti, Sanni Ruotsalainen, Satu Strausz, Shabbeer Hassan, Shanmukha Sampath Padmanabhuni, Shuang Luo, Susanna Lemmelä, Taru Tukiainen, Timo P. Sipilä, Tuomo Kiiskinen, Vincent Llorens, Mark J. Daly, Jiwoo Lee, Kristin Tsuo, Mitja Kurki, Amanda Elliott, Aki S. Havulinna, Juulia Partanen, Robert Yang, Dermot F. Reilly, Alessandro Porello, Amy Hart, Dawn Waterworth, Ekaterina Khramtsova, Karen He, Meijian Guan, Qingqin S. Li, Sauli Vuoti, Eric Green, Robert Graham, Sahar V. Mozaffari, Adriana Huertas‐Vázquez, Andrey Loboda, Caroline S. Fox, Fabiana Farias, Jae-Hoon Sul, Jason Miller, Neha Raghavan, Simonne Longerich, Johannes Kettunen, Raisa Serpi, Reetta Hinttala, Tuomo Mantere, Anne M. Remes, Elisa Rahikkala, Johanna Huhtakangas, Kaisa Tasanen, Laura Huilaja, Laure Morin‐Papunen, Maarit Niinimäki, Marja Vääräsmäki, Outi Uimari, Peeter Karihtala, Terhi Piltonen, Terttu Harju, Timo Blomster, Vuokko Anttonen, Hilkka Soininen, Kai Kaarniranta, Liisa Suominen, Margit Pelkonen, Maria Siponen, Mikko Kiviniemi, Oili Kaipiainen‐Seppänen, Päivi Auvinen, Päivi Mäntylä, Reetta Kälviäinen, Valtteri Julkunen, Chris O’Donnell, Ma ́en Obeidat, Nicole Renaud, Debby Ngo, Majd Mouded, Mike Mendelson, Anders Mälarstig, Heli Lehtonen, Jaakko Parkkinen, Kirsi Kalpala, Melissa Miller, Nan Bing, Stefan McDonough, Xinli Hu, Ying Wu, Airi Jussila, Annika Auranen, Argyro Bizaki-Vallaskangas, Hannu Uusitalo, Jukka Peltola, Jussi Hernesniemi, Katri Kaukinen, Laura Kotaniemi‐Talonen, Pia Isomäki, Teea Salmi, Venla Kurra, Kirsi Sipilä, Auli Toivola, Elina Järvensivu, Essi Kaiharju, Hannele Mattsson, Kati Kristiansson, Lotta Männikkö, Markku Laukkanen, Markus Perola, Minna Brunfeldt, Päivi Laiho, Regis Wong, Sami Koskelainen, Sini Lähteenmäki, Sirpa Soini, Teemu Paajanen, Terhi Kilpi, Tero Hiekkalinna, Tuuli Sistonen, Clément Chatelain, Deepak Raipal, K. Klinger, Samuel Lessard, Fredrik Åberg, Mikko Hiltunen, Sami Heikkinen, Hannu Kankaanranta, Tuula Palotie, Iiris Hovatta, Kimmo Palin, Niko Välimäki, Sanna Toppila‐Salmi, Eija K. Laakkonen, Eeva Sliz, Heidi Silven, Katri Pylkäs, Minna K. Karjalainen, Riikka K. Arffman, Susanna Savukoski, Jaakko Tyrmi, Harri Siirtola, Iida Vähätalo, Javier Gracia‐Tabuenca, Marianna Niemi, Mika Helminen, Tiina Luukkaala, Poul Jennum, Soňa Nevšímalová, David Kemlink, Álex Iranzo, Sebastiaan Overeem, Aleksandra Wierzbicka, Peter Geisler, Karel Šonka, Makoto Honda, Birgit Högl, Ambra Stefani, Fernando Morgadinho Santos Coelho, Vilma Mantovani, Eva Feketeová, Mia Wadelius, Niclas Eriksson, Hans Smedje, Pär Hallberg, Per Egil Hesla, David B. Rye, Zerrin Pelin, Luigi Ferini‐Strambi, Claudio L. Bassetti, Johannes Mathis, Ramin Khatami, Adi Aran, Sheela Nampoothiri, Tomas Olsson, Ingrid Kockum, Markku Partinen, Birgitte Rahbek Kornum, Sina Rüeger, Juliane Winkelmann, Taku Miyagawa, Hiromi Toyoda, Seik‐Soon Khor, Mihoko Shimada, Katsushi Tokunaga, Jonathan K. Pritchard, Neil Risch, Zoltán Kutalik, Ruth O’Hara, Joachim Hallmayer, Chun Ye, Emmanuel Mignot
Notice bibliographique
RevueNature Communications · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueSleep and Wakefulness Research
Établissements canadiensCanadian Sleep & Circadian NetworkUniversité de MontréalHôpital du Sacré-Cœur de Montréal
Organismes subventionnairesJanssen BiotechNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Institute of Mental HealthKey ProgrammeNational Defense Science and Engineering GraduateInstrumentariumin TiedesäätiöSigrid Juséliuksen SäätiöSuomen KulttuurirahastoAcademy of FinlandGenentechNational Natural Science Foundation of ChinaBusiness FinlandU.S. Department of Health and Human ServicesDeutscher Akademischer AustauschdienstMaze TherapeuticsYrjö Jahnssonin SäätiöJazz PharmaceuticalsEtelä-Karjalan RahastoJalmari ja Rauha Ahokkaan SäätiöPfizerBiogenNovartisCelgeneStanford Research Computing Center, Stanford UniversityAbbVieU.S. Department of DefenseSanofiBristol-Myers SquibbNational Institutes of HealthGlaxoSmithKline
Mots-clésNarcolepsyImmunologyBiologyAutoimmunityGenome-wide association studyImmune systemHuman leukocyte antigenGeneticsSingle-nucleotide polymorphismGenotypeGeneAntigen
Résumé
Narcolepsy type 1 (NT1) is caused by a loss of hypocretin/orexin transmission. Risk factors include pandemic 2009 H1N1 influenza A infection and immunization with Pandemrix®. Here, we dissect disease mechanisms and interactions with environmental triggers in a multi-ethnic sample of 6,073 cases and 84,856 controls. We fine-mapped GWAS signals within HLA (DQ0602, DQB1*03:01 and DPB1*04:02) and discovered seven novel associations (CD207, NAB1, IKZF4-ERBB3, CTSC, DENND1B, SIRPG, PRF1). Significant signals at TRA and DQB1*06:02 loci were found in 245 vaccination-related cases, who also shared polygenic risk. T cell receptor associations in NT1 modulated TRAJ*24, TRAJ*28 and TRBV*4-2 chain-usage. Partitioned heritability and immune cell enrichment analyses found genetic signals to be driven by dendritic and helper T cells. Lastly comorbidity analysis using data from FinnGen, suggests shared effects between NT1 and other autoimmune diseases. NT1 genetic variants shape autoimmunity and response to environmental triggers, including influenza A infection and immunization with Pandemrix®.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,264
Score d'incertitude au seuil0,838
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,326
Écart entre enseignants0,298 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».
En bref
Citations61
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui