LIPO-OLIGOSACCHARIDE BIOSYNTHESIS CLUSTER GENE VARIATION IN CAMPYLOBACTER JEJUNI ISOLATED FROM PATIENTS WITH GUILLAIN BARRE SYNDROME
Notice bibliographique
Résumé
Intro: Lipo-oligosaccharide (LOS) is the most important virulence factor of Campylobacter jejuni that structurally mimics human nerve ganglioside and consequently triggers Guillain-Barre´ syndrome (GBS) as a post-infectious sequela of gastroenteritis. We investigated the variations within the genomic content of LOS in C. jejuni isolated from patients with GBS or enteritis to find out their contribution to GBS induction. Methods: Seven GBS-associated C. jejuni strains were isolated and sequenced using Illumina NextSeq platform. We analyzed LOS-region of GBS-associated C. jejuni strains (n=7, Bangladesh; n=10, Peru, USA, Netherlands) with respect to enteritis-associated strains (n=16, Bangladesh, Netherlands & Canada) and reference genome C. jejuni NCTC11168 using bioinformatics pipelines. Findings: The frequency of nucleotide-variation within LOS region of C. jejuni was substantially greater in GBS-associated strains than enteritis-associated strains (p=0.002). However, no unique single-nucleotide polymorphism (SNP), multiple-nucleotide polymorphism (MNP), or complexes of SNPs were detected in GBS-associated genes (cgtA, cgtB, cstII, cstIII, and wlaN). The cst-II gene (n=15) was predominant in GBS-associated strains compared to cst-III gene (n=2). The cst-II(Thr51) gene was frequently present in GBS-associated strains of Bangladesh, USA, and Netherlands with expression of GM1/GD1 epitope (78%), whereas those with cst-II(Asn51) had the GA2 and GD3 epitopes. cst-II(Asn51) was common in Peruvian strains. Peruvian strains isolated from acute motor axonal neuropathy (AMAN) variant were identical and closely related to 2 strains of AMAN variant from Bangladesh. Phase variable (PV) genes were prevalent in LOS-regions of Bangladeshi and Canadian strains. Among the 34 PV genes possessing repeat tracts, most short sequence repeats were identified as poly-G while five were poly-T and one poly-TA. Conclusion: The frequency of cst-II (Thr51) gene and nucleotide-variation were higher within LOS locus of GBS-associated C. jejuni. Our results support that genetic polymorphism of C. jejuni modifies the substrate specificity of LOS biosynthesis enzyme and autoantibody reactivity that determines the clinical presentation of GBS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».