A global survey of Salmonella plasmids and their associations with antimicrobial resistance
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Plasmids are the primary vector for horizontal transfer of antimicrobial resistance (AMR) within bacterial populations. We applied the MOB-suite, a toolset for reconstructing and typing plasmids, to 150 767 publicly available Salmonella whole-genome sequencing samples covering 1204 distinct serovars to produce a large-scale population survey of plasmids based on the MOB-suite plasmid nomenclature. Reconstruction yielded 183 017 plasmids representing 1044 primary MOB-clusters and 830 potentially novel MOB-clusters. Replicon and relaxase typing were able to type 83.4 and 58 % of plasmids, respectively, compared to 99.9 % for MOB-clusters. Within this work, we developed an approach to characterize the horizonal transfer of MOB-clusters and AMR genes across different serotypes, as well as the diversity of MOB-cluster associations with AMR genes. Aggregating conjugative mobility predictions provided by the MOB-suite and their corresponding serovar entropy demonstrated that non-mobilizable plasmids were associated with fewer serotypes compared to mobilizable or conjugative MOB-clusters. The host-range predictions for MOB-clusters also showed differences between the mobility classes, with mobilizable MOB-clusters accounting for 88.3 % of the multi-phyla (broad-host-range) predictions compared to 3 and 8.6 % for conjugative and non-mobilizable, respectively. A total of 296 (22 %) of identified MOB-clusters were associated with at least one resistance gene, indicating that the majority of Salmonella plasmids are not involved in AMR dissemination. Shannon entropy analysis of horizontal transfer of AMR genes across serovars and MOB-clusters demonstrated that horizonal transfer of genes is higher between serovars compared to transfer between different MOB-clusters. In addition to the population structure characterization based on primary MOB-clusters, we characterized a multi-plasmid outbreak responsible for the global dissemination of bla CMY-2 across different serotypes using higher resolution MOB-suite secondary cluster codes. The plasmid characterization approach developed here can be applied to different organisms to identify plasmids and genes which pose high risks for horizontal transfer.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle