Metatranscriptomic analysis uncovers prevalent viral ORFs compatible with mitochondrial translation
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT RNA viruses are ubiquitous components of the global virosphere, yet relatively little is known about their genetic diversity or the cellular mechanisms by which they exploit the biology of their diverse eukaryotic hosts. A hallmark of (+)ssRNA (positive single-stranded RNA) viruses is the ability to remodel host endomembranes for their own replication. However, the subcellular interplay between RNA viruses and host organelles that harbor gene expression systems, such as mitochondria, is complex and poorly understood. Here we report the discovery of 763 new virus sequences belonging to the family Mitoviridae by metatranscriptomic analysis, the identification of previously uncharacterized mitovirus clades, and a putative new viral class. With this expanded understanding of the diversity of mitovirus and encoded RNA-dependent RNA polymerases (RdRps), we annotate mitovirus-specific protein motifs and identify hallmarks of mitochondrial translation, including mitochondrion-specific codons. This study expands the known diversity of mitochondrial viruses and provides additional evidence that they co-opt mitochondrial biology for their survival. IMPORTANCE Metatranscriptomic studies have rapidly expanded the cadre of known RNA viruses, yet our understanding of how these viruses navigate the cytoplasmic milieu of their hosts to survive remains poorly characterized. In this study, we identify and assemble 763 new viral sequences belonging to the Mitoviridae , a family of (+)ssRNA viruses thought to interact with and remodel host mitochondria. We exploit this genetic diversity to identify new clades of Mitoviridae , annotate clade-specific sequence motifs that distinguish the mitoviral RdRp, and reveal patterns of RdRp codon usage consistent with translation on host cell mitoribosomes. These results serve as a foundation for understanding how mitoviruses co-opt mitochondrial biology for their proliferation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».