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Enregistrement W4377691661 · doi:10.1101/2023.05.22.541756

Soybean-SCN duel: Novel insight into Soybean’s Resistant Responses to <i>Heterodera glycines</i>

2023· preprint· en· W4377691661 sur OpenAlexafffund
Sepideh Torabi, Hamed Soren Seifi, Jennifer Geddes‐McAlister, Albert Tenuta, Owen Wally, Davoud Torkamaneh, Milad Eskandari

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueNematode management and characterization studies
Établissements canadiensUniversité LavalAgriculture and Agri-Food CanadaMinistry of Agriculture, Food and Rural AffairsUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesAgriculture and Agri-Food CanadaUniversity of Illinois at Urbana-ChampaignOntario Ministry of Agriculture, Food and Rural AffairsMinistry of Agriculture, Food and Rural AffairsGrain Farmers of Ontario
Mots-clésSoybean cyst nematodeHeteroderaBiologyPhenylpropanoidTranscriptomePlant disease resistanceVirulenceSignal transductionGeneJasmonic acidEffectorGeneticsCell biologyNematodeGene expressionBiosynthesis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Soybean cyst nematodes (SCN, Heterodera glycines Ichinohe) are a significant threat to soybean production globally, causing severe yield losses and necessitating the development of effective strategies to combat this devastating nematode disease. This study presents dual RNA-seq analyses of the three most common SCN-resistant lines (Plant Introduction (PI) 437654, 548402, and 88788) and the susceptible line Lee74 against the SCN HG type 1.2.5.7 to identify the mechanisms of resistance and virulence genes involved in resistance breakdown. Transcriptomic and pathway analyses reveal the activation of the phenylpropanoid pathway, MAPK signaling pathway, plant hormone signal transduction, and secondary metabolite pathways in the resistance mechanisms. PI 437654, which exhibited robust resistance (female index, FI=0%), demonstrated unique gene expression associated with cell wall reinforcement, oxidative enzymes, ROS scavengers, and Ca+2 sensors governing the salicylic acid (SA) biosynthesis process, indicating its key defense mechanism. Moreover, using different hosts with varying levels of immunity and a susceptible line provided insights into SCN pathogenesis and how H. glycine overcomes different layers of host immunity by modulating its virulence genes. This research provides novel insights into the molecular mechanisms underlying soybean-SCN interactions and identifies potential targets for developing strategies to manage this devastating nematode disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,859
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,230
Écart entre enseignants0,197 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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