Genomic profiling of dedifferentiated endometrial carcinomas arising in the background of high‐grade carcinoma: a targeted next‐generation sequencing study
Notice bibliographique
Résumé
AIMS: Our understanding of dedifferentiated endometrial carcinoma (DEC), a rare and aggressive malignancy, mainly reflects undifferentiated carcinomas (UC) arising in the setting of low-grade endometrial cancer (DEC-LG). However, cases of UC arising in the setting of high-grade EC (DEC-HG) have been noted in the literature. Our knowledge of the genomics of DEC-HG is limited. To characterise the molecular landscape of DEC-HC, targeted genomic sequencing and immunohistochemical analysis was carried out on seven DEC-HG and four DEC-LG. METHODS AND RESULTS: DEC-HG and DEC-LG, including undifferentiated and differentiated components, both showed a similar frequency and spectrum of mutations. ARID1A mutations were identified in 6/7 (86%) DEC-HG and 4/4 (100%) DEC-LG, while SMARCA4 mutations were present in 4/7 (57%) DEC-HG and in 1/4 (25%) DEC-LG. Concurrent SMARCA4/BRG1 protein loss by immunohistochemistry was observed in 3/4 and 1/1 SMARCA4 mutated DEC-HG and DEC-LG, respectively. Neither genomic alterations nor protein loss in SMARCB1/INI1 were observed in any of our cases. TP53 mutations were detected in 4/7 (57%) DEC-HG and in 2/4 (50%) DEC-LG, while mutation-pattern p53 immunohistochemistry expression was observed in 2/7 (29%) DEC-HG and none of the DEC-LG. MLH1 mutations were observed in 1/7 (14%) DEC-HG and 1/4 (25%) DEC-LG. MSH2 and MSH6 mutations were each detected in 1/7 (14%) DEC-HG, but neither was associated with corresponding loss of protein expression. CONCLUSION: The findings support expanding the definition of DEC to include DEC-HG, a previously under-recognised phenomenon with genomic similarities to DEC-LG.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».