Bacterial genome wide association study substantiates <i>papGII</i> of <i>Escherichia coli</i> as a patient independent driver of urosepsis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Urinary tract infections are extremely common and often caused by Escherichia coli . Bacterial virulence factors and patient characteristics have been linked separately to progressive, invasive infection. The interaction of these factors has however rarely been considered. We whole genome sequenced 1076 E. coli isolates recovered from urine-or blood culture samples from 825 clinical cases. The majority of isolates belonged to the phylogroups B2 and D and encoded polysaccharide capsules. In line with previous studies, our bGWAS identified papGII to be associated with bacteraemia. In a generalised linear model correcting for patient characteristics, papGII was substantiated as a major contributor to invasive infection. Further, an independent cohort of 1,657 urine samples was PCR screened for papGII carrying E. coli , confirming the increased relative frequency of papGII + strains to cause invasive infection. This study builds on previous work linking papGII with invasive infection by showing that it is a patient-independent risk factor that has diagnostic potential.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».