Structural insights into a regulatory mechanism of FIR RRM1–FUSE interaction
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
FUBP-interacting repressor (FIR) is a suppressor of transcription of the proto-oncogene MYC. FIR binds to the far upstream element (FUSE) of the MYC promoter. Competition of FIR with FUSE-binding protein 1 (FUBP1) is a key mechanism of MYC transcriptional regulation. To gain insights into the structural mechanisms regulating FIR DNA interaction, we determined the crystal structure of two FIR RRM domains (RRM1-2) with single-stranded FUSE DNA sequences. These structures revealed an ability of the RRM domain to recognize diverse FUSE regions through distinct intermolecular interactions and binding modes. Comparative structural analyses against available RRM-ssDNA/RNA complexes showed that the nucleotide configurations in FIR were similar to those in other RRMs that harbour a tyrosine at the conserved aromatic position in the RNP2 motif (Y-type RRM), but not those with a phenylalanine (F-type RRM). Site-directed mutagenesis experiments demonstrated that a single substitution, Y115F, altered the binding affinities of oligonucleotides to FIR RRM, suggesting an important role of this conserved aromatic residue in ssDNA/RNA interactions. Our study provides the structural basis for further mechanistic studies on this important protein-DNA interaction.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle