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Enregistrement W4378903416 · doi:10.1038/s41598-023-35723-2

Optimising the yield from bronchoalveolar lavage on human participants in infectious disease immunology research

2023· article· en· W4378903416 sur OpenAlexaff
Jane Shaw, Maynard Meiring, Devon Allies, Lauren Cruywagen, Tarryn-Lee Fisher, Kesheera Kasavan, Kelly Roos, Stefan Botha, Candice MacDonald, Andriёtte M. Hiemstra, Donald Simon, Ilana van Rensburg, Marika Flinn, Ayanda Shabangu, Helena Kuivaniemi, Gerard Tromp, Stephanus T. Malherbe, Gerhard Walzl, Nelita du Plessis, Elisa Nemes, Léanie Kleynhans, Shirley McAnda, Charlene Kruger, Tracey Richardson, Firdows Noor, Lauren Benting, Nosipho Mtala, Robin-Lee Storm, Gertrude Persence, Elsabe Molima, Alicia Chetram, Kim Stanley, David Lewinsohn, Deborah A. Lewinsohn, Kevin B. Urdahl, Erwin Schurr, Marianna Orlova, W. Henry Boom, Sarah M. Fortune

Notice bibliographique

RevueScientific Reports · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueInhalation and Respiratory Drug Delivery
Établissements canadiensMcGill University Health Centre
Organismes subventionnairesEuropean and Developing Countries Clinical Trials PartnershipFaculty of Medicine and Health, University of SydneyDivision of Research Capacity DevelopmentFaculty of Medical and Health Sciences, University of AucklandNational Institutes of HealthUniversiteit StellenboschMedical Research CouncilSouth African Medical Research CouncilNational Research FoundationNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesEuropean Commission
Mots-clésBronchoalveolar lavageMedicineImmunologyTuberculosisImmune systemDiseaseInfectious disease (medical specialty)Internal medicineLungPathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Bronchoalveolar lavage (BAL) is becoming a common procedure for research into infectious disease immunology. Little is known about the clinical factors which influence the main outcomes of the procedure. In research participants who underwent BAL according to guidelines, the BAL volume yield, and cell yield, concentration, viability, pellet colour and differential count were analysed for association with important participant characteristics such as active tuberculosis (TB) disease, TB exposure, HIV infection and recent SARS-CoV-2 infection. In 337 participants, BAL volume and BAL cell count were correlated in those with active TB disease, and current smokers. The right middle lobe yielded the highest volume. BAL cell and volume yields were lower in older participants, who also had more neutrophils. Current smokers yielded lower volumes and higher numbers of all cell types, and usually had a black pellet. Active TB disease was associated with higher cell yields, but this declined at the end of treatment. HIV infection was associated with more bloody pellets, and recent SARS-CoV-2 infection with a higher proportion of lymphocytes. These results allow researchers to optimise their participant and end assay selection for projects involving lung immune cells.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,470
Score d'incertitude au seuil0,605

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,158
Tête enseignante GPT0,403
Écart entre enseignants0,245 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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