Arms race between anti‐silencing and RdDM in noncoding regions of transposable elements
Notice bibliographique
Résumé
Transposable elements (TEs) are among the most dynamic parts of genomes. Since TEs are potentially deleterious, eukaryotes silence them through epigenetic mechanisms such as repressive histone modifications and DNA methylation. We previously reported that Arabidopsis TEs, called VANDALs, counteract epigenetic silencing through a group of sequence-specific anti-silencing proteins, VANCs. VANC proteins bind to noncoding regions of specific VANDAL copies and induce loss of silent chromatin marks. The VANC-target regions form tandem repeats, which diverge rapidly. Sequence-specific anti-silencing allows these TEs to proliferate with minimum host damage. Here, we show that RNA-directed DNA methylation (RdDM) efficiently targets noncoding regions of VANDAL TEs to silence them de novo. Thus, escape from RdDM could be a primary event leading to the rapid evolution and diversification of sequence-specific anti-silencing systems. We propose that this selfish behavior of TEs paradoxically could make them diverse and less harmful to the host.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».