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Enregistrement W4379553510 · doi:10.1002/fft2.259

Conjoint transcriptomic and proteogenomic analysis of quality formation in various <i>Porphyra dentata</i> harvests: Photosynthesis acts as a stressor

2023· article· en· W4379553510 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueFood Frontiers · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineEnergy
ThématiqueAlgal biology and biofuel production
Établissements canadiensMinistry of Agriculture
Organismes subventionnairesSouth China Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery SciencesCentral Public-interest Scientific Institution Basal Research Fund, Chinese Academy of Fishery Sciences
Mots-clésProteogenomicsBiologyTranscriptomePhycocyaninPorphyraGenePhotosynthesisProteomicsComputational biologyRNA-SeqBotanyGene expressionGeneticsEvolutionary biologyCyanobacteriaAlgae

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Porphyra dentata is widely cultivated for its rich nutritional value and superior palatability. However, its quality varies with harvest time and there is a lack of understanding of the molecular mechanism of quality differences. Photosynthesis is a key factor in human‐mediated plant development and quality formation and changes. To explore the quality impact of photosynthesis on P. dentata , we compared transcriptomic and proteogenomic data of the first and fifth harvests. Of the 53,580 genes detected in this study, 7073 were identified as differentally expressed genes by RNA‐seq, and 462 showed differential expression between genes and proteins in proteogenomics. The results show that quality differences between harvest periods were regulated by proteins and genes from the allophycocyanin, Lhca1, chloroplast processing enzyme, and phycocyanin families. Generated cell tissue passivated continuously, the blades gradually became thicker and darker and had an increased degree of lignification, decreased protein levels, increased carbohydrate levels, and decreased quality. Our results demonstrate the complementary power of transcriptomics and proteogenomics and provide a rich database for quality improvement or evolutionary function analysis of P. dentata .

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,297
Score d'incertitude au seuil0,544

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,252
Écart entre enseignants0,229 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle