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Enregistrement W4379877956 · doi:10.1038/s41588-023-01408-9

Genome-wide association study and functional characterization identifies candidate genes for insulin-stimulated glucose uptake

2023· article· en· W4379877956 sur OpenAlexaff
Alice Williamson, Dougall M. Norris, Xianyong Yin, K. Alaine Broadaway, Anne H. Moxley, Swarooparani Vadlamudi, Emma P Wilson, Anne Jackson, Vasudha Ahuja, Mette K. Andersen, Zorayr Arzumanyan, Lori L. Bonnycastle, Stefan R. Bornstein, Maxi Pia Bretschneider, Thomas A. Buchanan, Yi‐Cheng Chang, Lee‐Ming Chuang, Ren‐Hua Chung, Tine D. Clausen, Peter Damm, Graciela E. Delgado, Vanessa D. de Mello, Josée Dupuis, Om Prakash Dwivedi, Michael R. Erdos, Lilian Fernandes Silva, Timothy M. Frayling, Christian Gieger, Mark O. Goodarzi, Xiuqing Guo, Stefan Gustafsson, Liisa Hakaste, Ulf Hammar, Gad Hatem, Sandra M. Herrmann, Kurt Højlund, Katrin Horn, Willa A. Hsueh, Yi‐Jen Hung, Chii‐Min Hwu, Anna Jonsson, Line Lund Kårhus, Marcus E. Kleber, Péter Kovács, Timo A. Lakka, Marie Lauzon, I‐Te Lee, Cecilia M. Lindgren, Jaana Lindström, Allan Linneberg, Ching‐Ti Liu, Jian’an Luan, Dina Mansour Aly, Elisabeth R. Mathiesen, Angela P. Moissl, Andrew P. Morris, Narisu Narisu, Nikolaos Perakakis, Annette Peters, Rashmi B. Prasad, Roman N. Rodionov, Kathryn Roll, Carsten F. Rundsten, Chloé Sarnowski, Kai Savonen, Markus Scholz, Sapna Sharma, Sara Stinson, Sufyan Suleman, Jingyi Tan, Kent D. Taylor, Matti Uusitupa, Dorte Vistisen, Daniel R. Witte, Romy Walther, Peitao Wu, Anny H. Xiang, Björn Zethelius, Emma Ahlqvist, Richard N. Bergman, Yii‐Der Ida Chen, Francis S. Collins, Tove Fall, José C. Florez, Andreas Fritsche, Harald Grallert, Leif Groop, Torben Hansen, Heikki A. Koistinen, Pirjo Komulainen, Markku Laakso, Lars Lind, Markus Loeffler, Winfried März, James B. Meigs, Leslie J. Raffel, Rainer Rauramaa, Jerome I. Rotter, Peter E. H. Schwarz, Michael Stümvoll, Johan Sundström, Anke Tönjes, Jaakko Tuomilehto, Róbert Wágner, Inês Barroso, Mark Walker, Niels Grarup, Michael Boehnke, Nicholas J. Wareham, Karen L. Mohlke, Eleanor Wheeler, Stephen O’Rahilly, Daniel J. Fazakerley, Claudia Langenberg

Notice bibliographique

RevueNature Genetics · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesSteno Diabetes Center AarhusCommon FundNational Institute of Neurological Disorders and StrokeAbbott DiagnosticsBayerNational Cancer InstituteQuest DiagnosticsNational Institute on AgingBayer VitalNational Institutes of HealthNIH Office of the DirectorNovo Nordisk FondenSteno Diabetes Center CopenhagenDanoneNational Institute of General Medical SciencesNational Institute on Drug AbuseNovo NordiskNational Human Genome Research InstituteNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesSanofiNational Center for Advancing Translational SciencesMedical Research CouncilAstraZenecaNational Institute of Mental HealthNational Heart, Lung, and Blood InstitutePfizerAmgen
Mots-clésBiologyGenome-wide association studyCandidate geneGeneGeneticsGenetic associationInsulinGenomeComputational biologySingle-nucleotide polymorphismBiotechnologyGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Distinct tissue-specific mechanisms mediate insulin action in fasting and postprandial states. Previous genetic studies have largely focused on insulin resistance in the fasting state, where hepatic insulin action dominates. Here we studied genetic variants influencing insulin levels measured 2 h after a glucose challenge in >55,000 participants from three ancestry groups. We identified ten new loci (P < 5 × 10−8) not previously associated with postchallenge insulin resistance, eight of which were shown to share their genetic architecture with type 2 diabetes in colocalization analyses. We investigated candidate genes at a subset of associated loci in cultured cells and identified nine candidate genes newly implicated in the expression or trafficking of GLUT4, the key glucose transporter in postprandial glucose uptake in muscle and fat. By focusing on postprandial insulin resistance, we highlighted the mechanisms of action at type 2 diabetes loci that are not adequately captured by studies of fasting glycemic traits. Genome-wide association analyses of two oral glucose tolerance test-derived measures of postprandial insulin resistance discover ten new loci. Functional characterization identifies nine candidate genes implicated in the regulation of GLUT4.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,265
Écart entre enseignants0,253 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations74
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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