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Enregistrement W4379878284 · doi:10.1038/s41467-023-39042-y

B cell profiles, antibody repertoire and reactivity reveal dysregulated responses with autoimmune features in melanoma

2023· article· en· W4379878284 sur OpenAlexaff
Silvia Crescioli, Isabel Corrêa, Joseph Ng, Zena Willsmore, Roman Laddach, Alicia M. Chenoweth, Jitesh Chauhan, Ashley Di Meo, Alexander Stewart, Eleni Kalliolia, Rebecca Adams, R. J. C. Harris, Silvia Mele, Giulia Pellizzari, Anna Black, Heather J. Bax, Anthony Cheung, Mano Nakamura, Ricarda M. Hoffmann, Manuela Terranova-Barberio, Niwa Ali, Ihor Batruch, Antoninus Soosaipillai, Ioannis Prassas, Antigona Ulndreaj, Miyo K. Chatanaka, Rosamund Nuamah, Shichina Kannambath, Pawan Dhami, Jenny L. C. Geh, Alastair D. MacKenzie Ross, Ciaran Healy, Anita Grigoriadis, David Kipling, Panagiotis Karagiannis, Deborah K. Dunn‐Walters, Eleftherios P. Diamandis, Sophia Tsoka, James Spicer, Katie E. Lacy, Franca Fraternali, Sophia N. Karagiannis

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmunotherapy and Immune Responses
Établissements canadiensUniversity Health NetworkUniversity of TorontoLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesGuy's and St Thomas' NHS Foundation TrustMenzies Centre for Australian Studies, King's College London, University of LondonBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilMedical Research CouncilKing's Health PartnersKing's College LondonGuy's and St Thomas' CharityRotary FoundationCancer Research UKNational Institute for Health and Care ResearchBreast Cancer Now
Mots-clésAntibodyRepertoireMelanomaImmunologyComputational biologyCellBiologyMedicineCancer researchGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

B cells are known to contribute to the anti-tumor immune response, especially in immunogenic tumors such as melanoma, yet humoral immunity has not been characterized in these cancers to detail. Here we show comprehensive phenotyping in samples of circulating and tumor-resident B cells as well as serum antibodies in melanoma patients. Memory B cells are enriched in tumors compared to blood in paired samples and feature distinct antibody repertoires, linked to specific isotypes. Tumor-associated B cells undergo clonal expansion, class switch recombination, somatic hypermutation and receptor revision. Compared with blood, tumor-associated B cells produce antibodies with proportionally higher levels of unproductive sequences and distinct complementarity determining region 3 properties. The observed features are signs of affinity maturation and polyreactivity and suggest an active and aberrant autoimmune-like reaction in the tumor microenvironment. Consistent with this, tumor-derived antibodies are polyreactive and characterized by autoantigen recognition. Serum antibodies show reactivity to antigens attributed to autoimmune diseases and cancer, and their levels are higher in patients with active disease compared to post-resection state. Our findings thus reveal B cell lineage dysregulation with distinct antibody repertoire and specificity, alongside clonally-expanded tumor-infiltrating B cells with autoimmune-like features, shaping the humoral immune response in melanoma.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,901
Score d'incertitude au seuil0,894

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,281
Écart entre enseignants0,270 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations41
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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