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Enregistrement W4380990775 · doi:10.1016/j.neuroimage.2023.120231

Tractography passes the test: Results from the diffusion-simulated connectivity (disco) challenge

2023· article· en· W4380990775 sur OpenAlexafffund
Gabriel Girard, Jonathan Rafael‐Patiño, Raphaël Truffet, Dogu Baran Aydogan, Nagesh Adluru, Veena A. Nair, Vivek Prabhakaran, Barbara B. Bendlin, Andrew L. Alexander, Sara Bosticardo, Ilaria Gabusi, Mario Ocampo‐Pineda, Matteo Battocchio, Zuzana Piskořová, Pietro Bontempi, Simona Schiavi, Alessandro Daducci, Aleksandra Stafiej, Dominika Ciupek, Fabian Bogusz, Tomasz Pieciak, Matteo Frigo, Sara Sedlar, Samuel Deslauriers‐Gauthier, Ivana Kojčić, Mauro Zucchelli, Hiba Laghrissi, Yang Ji, Rachid Deriche, Kurt G. Schilling, Bennett A. Landman, Alberto Cacciola, Gianpaolo Antonio Basile, Salvatore Bertino, Nancy R. Newlin, Praitayini Kanakaraj, François Rheault, Patryk Filipiak, Timothy M. Shepherd, Ying‐Chia Lin, Dimitris G. Placantonakis, Fernando E. Boada, Steven H. Baete, Erick Hernández-Gutiérrez, Alonso Ramírez-Manzanares, Ricardo Coronado‐Leija, Pablo Stack-Sánchez, Luis Concha, Maxime Descoteaux, Sina Mansour L., Caio Seguin, Andrew Zalesky, Kenji Marshall, Erick J. Canales‐Rodríguez, Ye Wu, Sahar Ahmad, Pew-Thian Yap, Antoine Théberge, Florence Gagnon, Frédéric Massi, Elda Fischi-Gómez, Rémy Gardier, Juan Luis Villarreal Haro, Marco Pizzolato, Emmanuel Caruyer, Jean‐Philippe Thiran

Notice bibliographique

RevueNeuroImage · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAdvanced Neuroimaging Techniques and Applications
Établissements canadiensMcGill UniversityUniversité de Sherbrooke
Organismes subventionnairesNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institute on AgingNational Health and Medical Research CouncilNational Institute of Mental HealthHorizon 2020 Framework ProgrammeNarodowa Agencja Wymiany AkademickiejDirección General de Asuntos del Personal Académico, Universidad Nacional Autónoma de MéxicoNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCentre Hospitalier Universitaire VaudoisCentre d'Imagerie BioMédicaleEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentUniversité de LausanneHôpitaux Universitaires de GenèveNvidiaUniversité de GenèveAcademic Computer Centre Cyfronet, AGH University of Science and TechnologyPolska Akademia NaukNational Natural Science Foundation of ChinaNational Institutes of HealthSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNational Institute on Drug AbuseÉcole Polytechnique Fédérale de LausanneFundacja na rzecz Nauki PolskiejEuropean CommissionConsejo Nacional de Ciencia y TecnologíaNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesAgence Nationale de la RechercheMinisterstwo Edukacji i NaukiInfrastruktura PL-GridNational Science Foundation
Mots-clésDiffusion MRIComputer scienceGround truthTractographyDiffusionMonte Carlo methodBinary numberTask (project management)Scale (ratio)Functional connectivityArtificial intelligenceData miningAlgorithmPattern recognition (psychology)Magnetic resonance imagingMathematicsStatisticsPhysicsNeurosciencePsychology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Estimating structural connectivity from diffusion-weighted magnetic resonance imaging is a challenging task, partly due to the presence of false-positive connections and the misestimation of connection weights. Building on previous efforts, the MICCAI-CDMRI Diffusion-Simulated Connectivity (DiSCo) challenge was carried out to evaluate state-of-the-art connectivity methods using novel large-scale numerical phantoms. The diffusion signal for the phantoms was obtained from Monte Carlo simulations. The results of the challenge suggest that methods selected by the 14 teams participating in the challenge can provide high correlations between estimated and ground-truth connectivity weights, in complex numerical environments. Additionally, the methods used by the participating teams were able to accurately identify the binary connectivity of the numerical dataset. However, specific false positive and false negative connections were consistently estimated across all methods. Although the challenge dataset doesn't capture the complexity of a real brain, it provided unique data with known macrostructure and microstructure ground-truth properties to facilitate the development of connectivity estimation methods.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,011
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,078
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,011
Score d'incertitude au seuil0,059

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0110,078
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,002
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0020,004
Science ouverte0,0020,003
Intégrité de la recherche0,0030,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0060,004

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,096
Tête enseignante GPT0,354
Écart entre enseignants0,258 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations14
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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