Abstract 14950: Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Emergence of Inflammatory and Activated Arterial Endothelial Cells Promoted by Cross-Talk With Mural Cells During Development of Severe Pulmonary Arterial Hypertension
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: Pulmonary arterial hypertension (PAH) is a lethal disease characterized by occlusive arterial remodelling thought to be triggered by endothelial cell (EC) injury; however, the pathobiological mechanisms are poorly understood. We employed single cell RNA sequencing (scRNAseq) to define transcriptomic changes in the SU5416/chronic hypoxia (SU/CH) rat model. Methods: Sprague-Dawley rats were injected with 20mg/kg SU subcutaneously and exposed to 3 weeks of CH (10% O 2 ). Right ventricular systolic pressure (RVSP) was measured at baseline, 1, 3, 5, and 8-weeks, then lungs were explanted, digested, and dissociated into single cells which were sequenced using the 10x genomics platform. Results: Elevation of RVSP plateaued at >100 mmHg by 5 weeks. Dimensionality reduction of the scRNAseq data was performed using Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) analysis resulting in 24 lung clusters. Cell prioritization analysis performed using Augur identified vascular cells as the most affected by SU/CH, including arterial ECs, pericytes, and gCap ECs. After sub-clustering the EC populations, eight distinct clusters were identified representing all expected subtypes (capillary, arterial, venous, and lymphatic). As well, two novel EC clusters were detected. The first showed reduced expression of classical EC genes ( Cdh5 , Cldn5 ) and increased proinflammatory markers ( RT1-Da , Cd74 ), termed ‘inflammatory’ ECs. The second was an arterial cluster that exhibited reduced expression of Dll4 and increased Cxcl12 and Fn1 , termed ‘activated’ arterial ECs. Both populations emerging at 1-week post SU, persisting throughout PAH progression. While many EC populations showed marked differential gene expression (DGE) at 1 week, the activated arterial cluster was the only cluster showing progression of DGE throughout progression of PAH. Receptor-ligand analysis with NicheNet identified activated arterial ECs as a top receiver cell responding to multiple ligands, including Bmp4/5 , Col4a1 , and Vegfa/c, which were largely derived from mural fibroblasts. Conclusion: Emergence of inflammatory and activated arterial ECs likely contribute to vascular remodelling associated with PAH promoted by cross-talk with lung stromal cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».