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Enregistrement W4381248768 · doi:10.1038/s41588-023-01429-4

Transcriptomic classes of BCR-ABL1 lymphoblastic leukemia

2023· article· en· W4381248768 sur OpenAlexafffund
Jaeseung Kim, Michelle Chan‐Seng‐Yue, Sabrina Ge, Andy G.X. Zeng, Karen Ng, Olga I. Gan, Laura García‐Prat, Eugenia Flores‐Figueroa, Tristan Woo, Amy Xin Wei Zhang, Andrea Arruda, Shivapriya Chithambaram, Stephanie M. Dobson, Amanda Khoo, Shahbaz Khan, Narmin Ibrahimova, Ann George, Anne Tierens, Johann Hitzler, Thomas Kislinger, John E. Dick, John D. McPherson, Mark D. Minden, Faiyaz Notta

Notice bibliographique

RevueNature Genetics · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueChronic Myeloid Leukemia Treatments
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenPrincess Margaret Cancer CentreUniversity of TorontoOntario Institute for Cancer Research
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchHospital for Sick ChildrenOntario Institute for Cancer ResearchPrincess Margaret Cancer FoundationUniversity Health NetworkAmerican Society of HematologyV Foundation for Cancer Research
Mots-clésBiologyLeukemiaTranscriptomeCancer researchTyrosine kinaseProgenitor cellStem cellImmunologyGeneticsSignal transductionGeneGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract In BCR-ABL1 lymphoblastic leukemia, treatment heterogeneity to tyrosine kinase inhibitors (TKIs), especially in the absence of kinase domain mutations in BCR-ABL1 , is poorly understood. Through deep molecular profiling, we uncovered three transcriptomic subtypes of BCR-ABL1 lymphoblastic leukemia, each representing a maturation arrest at a stage of B-cell progenitor differentiation. An earlier arrest was associated with lineage promiscuity, treatment refractoriness and poor patient outcomes. A later arrest was associated with lineage fidelity, durable leukemia remissions and improved patient outcomes. Each maturation arrest was marked by specific genomic events that control different transition points in B-cell development. Interestingly, these events were absent in BCR-ABL1 + preleukemic stem cells isolated from patients regardless of subtype, which supports that transcriptomic phenotypes are determined downstream of the leukemia-initialing event. Overall, our data indicate that treatment response and TKI efficacy are unexpected outcomes of the differentiation stage at which this leukemia transforms.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,276
Score d'incertitude au seuil0,781

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,278
Écart entre enseignants0,265 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations56
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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