221-LB: Identification of PAM as Novel Monogenic Diabetes Gene
Notice bibliographique
Résumé
Background/Objectives: Various biological mechanisms involved in type 2 diabetes (T2D) have been unveiled through converging evidence in common variants from Genome wide association studies (GWAS) and rare or low frequency variants (RV/LFV) from Exome wide association studies (EXWAS). We hypothesized that a two-pronged approach interrogating both RV/LFV and common variants could yield identification of new pathways involved in T2D. Methods: Protein-altering RV/LFV burden was tested for T2D association in an EXWAS of 11,731 cases and 149,613 controls in the UKBiobank. Significant encoded proteins were then investigated using 2-sample Mendelian randomization for causal association with T2D and related variables. Protein quantitative trait loci were estimated in the Prospective Urban and Rural Epidemiological study (N=11,020) and tested against GWAS-summary statistics of T2D and related traits from 10 consortia. Results: At the EXWAS significance threshold (P=0.05/19,589=2.55×10-6), we identified loss-of-function RV/LFV in GCK and PAM, which encode the proteins glucokinase and peptidylgycine α-amidating monooxygenase respectively, to be associated with T2D risk. Deleterious mutations in the PAM gene were associated with an 29% increase in T2D risk (OR per RV/LFV=1.29; 95%CI=1.17-1.43; P=7.17×10-7). This association was driven by a low frequency variant, rs78408340-G present in 2.6% of T2D cases and only in 1.8% of controls. MR analyses confirmed that 1 SD decrease in PAM circulating levels was consistently associated with increased T2D risk (OR=1.16; 95%CI=1.14-1.19; P=9.54×10-52) and HbA1c (%) (β=0.0047; 95%CI= 0.00051-0.0090; P=0.028), and decreased post-prandial insulin (mU/L) secretion (β=-0.060; 95% CI=-0.083(-)-0.036; P=8.32×10-7). Conclusion: We identified PAM variants as a novel cause of monogenic diabetes and demonstrated a strong causal effect of circulating PAM levels on T2D risk and post-prandial insulin secretion. This supports further investigation of PAM as a therapeutic T2D target. Disclosure J. Feiner: None. N. Perrot: None. M. Chong: Research Support; Bayer Inc. R. Lali: None. R. Morton: None. P. Mohammadi-Shemirani: None. S. Yusuf: None. H. C. Gerstein: Advisory Panel; Abbott Diagnostics, Eli Lilly and Company, Sanofi. Research Support; Novo Nordisk. Advisory Panel; Novo Nordisk. Research Support; Eli Lilly and Company, Sanofi. Advisory Panel; Kowa Company, Ltd., Hanmi Pharm. Co., Ltd. Other Relationship; Zuellig Pharma Holdings Pte. Ltd., DKSH, AstraZeneca. G. Pare: Research Support; Bayer Inc. Advisory Panel; Bayer Inc., Amgen Inc., Novartis AG. M. Pigeyre: None. Funding Bayer; Canadian Institutes of Health Research
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».