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Enregistrement W4381551738 · doi:10.48550/arxiv.2306.10373

Data-driven Stochastic Model for Quantifying the Interplay Between Amyloid-beta and Calcium Levels in Alzheimer's Disease

2023· preprint· en· W4381551738 sur OpenAlexfundno aff
Hina Shaheen, Roderick Melnik, S. Singh

Notice bibliographique

RevuearXiv (Cornell University) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueBayesian Modeling and Causal Inference
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesAgencia Estatal de InvestigaciónNational Institutes of HealthGenentechIXICOCanadian Institutes of Health ResearchAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeBasque Center for Applied MathematicsH. Lundbeck A/SServierBristol-Myers SquibbAlliance de recherche numérique du CanadaEisaiMinisterio de Ciencia, Innovación y UniversidadesNorthern California Institute for Research and EducationBioClinicaNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaBiogenPfizerNovartis Pharmaceuticals CorporationUniversity of Southern CaliforniaEli Lilly and CompanyU.S. Department of DefenseMeso Scale DiagnosticsAlzheimer's Association
Mots-clésBETA (programming language)DiseaseNeuroscienceAmyloid (mycology)Amyloid betaHomeostasisChemistryPsychologyBioinformaticsComputer scienceBiologyMedicineInternal medicinePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The abnormal aggregation of extracellular amyloid-$β$ (Aβ) in senile plaques resulting in calcium (Ca^{+2}) dyshomeostasis is one of the primary symptoms of Alzheimer's disease (AD). Significant research efforts have been devoted in the past to better understand the underlying molecular mechanisms driving Aβdeposition and Ca^{+2} dysregulation. To better understand this interaction, we report a novel stochastic model where we analyze the positive feedback loop between Aβand Ca^{+2} using ADNI data. A good therapeutic treatment plan for AD requires precise predictions. Stochastic models offer an appropriate framework for modelling AD since AD studies are observational in nature and involve regular patient visits. The etiology of AD may be described as a multi-state disease process using the approximate Bayesian computation method. So, utilizing ADNI data from $2$-year visits for AD patients, we employ this method to investigate the interplay between Aβand Ca^{+2} levels at various disease development phases. Incorporating the ADNI data in our physics-based Bayesian model, we discovered that a sufficiently large disruption in either Aβmetabolism or intracellular Ca^{+2} homeostasis causes the relative growth rate in both Ca^{+2} and Aβ, which corresponds to the development of AD. The imbalance of Ca^{+2} ions causes Aβdisorders by directly or indirectly affecting a variety of cellular and subcellular processes, and the altered homeostasis may worsen the abnormalities of Ca^{+2} ion transportation and deposition. This suggests that altering the Ca^{+2} balance or the balance between Aβand Ca^{+2} by chelating them may be able to reduce disorders associated with AD and open up new research possibilities for AD therapy.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,944
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0030,005
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,453
Tête enseignante GPT0,323
Écart entre enseignants0,130 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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