Genome‐wide association studies for epistatic genetic effects on fertility and reproduction traits in Holstein cattle
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Non‐additive genetic effects are well known to play an important role in the phenotypic expression of complex traits, such as fertility and reproduction. In this study, a genome scan was performed using 41,640 single nucleotide polymorphism (SNP) markers to identify genomic regions associated with epistatic (additive‐by‐additive) effects in fertility and reproduction traits in Holstein cattle. Nine fertility and reproduction traits were analysed on 5825 and 6090 Holstein heifers and cows with phenotypes and genotypes, respectively. The Marginal Epistasis Test (MAPIT) was used to identify SNPs with significant marginal epistatic effects at a chromosome‐wise 5% and 10% false discovery rate (FDR) level. The −log 10 ( p ) values were adjusted by the genomic inflation factor (λ) to correct for the potential bias on the p ‐values and minimize the possible effects of population stratification. After adjustments, MAPIT enabled the identification of genomic regions with significant marginal epistatic effects for heifers on BTA5 for age at first insemination, BTA3 and BTA24 for non‐return rate (NRR); BTA16 and BTA28 for gestation length (GL); BTA1, BTA4 and BTA17 for stillbirth (SB). For the cow traits, MAPIT enabled the identification of regions on BTA11 for GL, BTA11 and BTA16 for SB and BTA19 for calf size (CZ). An additional approach for mapping epistasis in a genome‐wide association study was also proposed, in which the genome scan was performed using estimates of epistatic values as the input pseudo‐phenotypes, computed using single‐trait animal models. Significant SNPs were identified at the chromosome‐wise 5% and 10% FDR levels for all traits. For the heifer traits, significant regions were found on BTA7 for AFS; BTA12 for NRR; BTA14 and BTA19 for GL; BTA19 for calving ease (CE); BTA5, BTA24, BTA25 and in the X chromosome for SB; BTA23 and in the X chromosome for CZ and in the X chromosome for the number of services (NS). For the cow traits, significant regions were found on BTA29 and in the X chromosome for NRR, BTA11, BTA16 and in the X chromosome for SB, BTA2 for GL, BTA28 for CZ, BTA19 for calving to first insemination, and in the X chromosome for NS and first insemination to conception. The results suggest that the epistatic genetic effects are likely due to many loci with a small effect rather than few loci with a large effect and/or a single SNP marker alone do not capture the epistatic effects well. The genomic architecture of fertility and reproduction traits is complex, and these results should be validated in independent dairy cattle populations and using alternative statistical models.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».