Increased CpG methylation at the CDH1 locus in inflamed ileal mucosa of patients with Crohn disease
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background E-cadherin, a major actor of cell adhesion in the intestinal barrier, is encoded by the CDH1 gene and associated with susceptibility to Crohn's Disease (CD) and colorectal cancer. Since epigenetic mechanisms are suspected to contribute to the pathogenesis of CD, we studied the methylation of the CpG island (CGI) located in the CDH1 promoter and of 4 CpGs in the 7th enhancer in inflamed ileal mucosa and PBMC of CD patients operated on. Patients who underwent surgery for a non-inflammatory bowel disease provided a macroscopically normal ileal mucosa and PBMC for comparison. Results In ileal mucosa, 90% of the 21 studied CD patients had a methylated CDH1 CGI vs 50% of the 16 control patients (P < 0.01). In PBMC, percentage was comparable in CD (52%) and controls (44%). The methylation of the 4 CpGs in the 7th enhancer of CDH1 was also higher in the CD group for each individual CpG and for the average of the 4 CpGs (45 ± 17% in CD patients vs 36 ± 17% in controls, P < 0.001), while it was comparable in PBMC. The rs16260 SNP known to be associated with CD was not associated with studied CpG methylation. Conclusion Independently of the rs16260 genotype, the methylation of the promoter CGI and 4 enhancer CpGs at the CDH1 locus was increased in the inflamed ileal mucosa of a small cohort of CD patients. We speculate that these local methylation changes may decrease local expression of E-cadherin (not studied) and favor or aggravate ileal CD lesions. Whether CGI methylation could be used as a biomarker of colorectal cancer risk in ileal biopsies will have to be explored in further studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».