Comparative genomics provides new insights into the evolution of Colletotrichum
Notice bibliographique
Résumé
Colletotrichum is an economically important pathogen with a worldwide distribution associated with a wide range of plant hosts.Characterization of the genomic profiles of Colletotrichum can generate new insights to understand its speciation, diversity, and pathogenicity potential.Although some genomic studies on this genus have been reported, a systematic comparative genomic analysis of the genus has so far been lacking.In this study, we first compared genome completeness generated by second-and third-generation sequencing platforms and confirmed the effectiveness of second-generation sequencing techniques for genomic studies.We then integrated the taxonomic concept of Colletotrichum species complexes into the comparative genomic analysis and depicted the genomic features of 102 Colletotrichum genomes from 39 species across ten species complexes and two singletons.Genome sizes of Colletotrichum species vary tremendously (44.15-109.66Mb), and the average genome sizes of species complexes are significantly different.Repetitive sequences are the key drivers for genome size and GC content variation.The number of predicted genes of each genome (10,809) is positively correlated to the size of non-repeat genome sequences.Phylogenetically close strains consist of similar composition of secretomes, however, the number of major components is significantly different between different species complexes.The C. gloeosporioides species complex possessed the most abundant CAZymes, which may be responsible for its diverse distribution and higher pathogenicity.A total of 7,971 putative SMGCs covering 20 types were detected in these genomes, suggesting their immense biosynthetic potential to produce natural products.We further constructed a genomescale TimeTree of Colletotrichum and investigated the evolution of gene families.The result suggested that gene gain and loss are both important for environmental adaption but less useful in delineating species complexes.Our study characterized the genomes of Colletotrichum species from different perspectives, providing insights into the genomic evolution of Colletotrichum species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».