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Enregistrement W4383058472 · doi:10.1101/pdb.prot108162

Proximity Ligation Assay (PLA) for Fillets of<i>Drosophila</i>Larvae

2023· article· en· W4383058472 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueCold Spring Harbor Protocols · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineEngineering
ThématiqueMolecular Junctions and Nanostructures
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésProximity ligation assayFörster resonance energy transferOligonucleotidePrimary and secondary antibodiesIn vivoImmunoprecipitationEpitopeMolecular biologyRolling circle replicationIn vitroBiologyProtein–protein interactionBiophysicsAntibodyCell biologyFluorescenceChemistryBiochemistryGeneReceptorGeneticsDNA replication

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The ability to detect protein–protein interactions is critical for understanding the mechanisms underlying protein and cell function. Current methods to assay protein–protein interactions, such as co-immunoprecipitation (Co-IP) and fluorescence resonance energy transfer (FRET), have limitations; for example, Co-IP is an in vitro technique and may not reflect the situation in vivo, and FRET typically suffers from low signal-to-noise ratio. The proximity ligation assay (PLA) is an in situ method for inferring protein–protein interaction with a high signal-to-noise ratio. The PLA technique can indicate that two different proteins are closely associated by the ability of two secondary antibody oligonucleotide probes to hybridize when they are close to each other. This interaction generates a signal with rolling-circle amplification using fluorescent nucleotides. Although a positive result does not indicate that two proteins directly interact, it implies a potential in vivo interaction that can then be verified in vitro. PLA uses primary antibodies against the two proteins (or epitopes) of interest, one raised in mouse and the other raised in rabbit. When these antibodies bind to proteins that lie within 40 nm of each other in the tissue, complementary oligonucleotides conjugated individually to mouse and rabbit secondary antibodies can anneal to form a template for rolling-circle amplification. Using fluorescently labeled nucleotides, rolling circle amplification generates a strong fluorescent signal in areas of the tissue where the two proteins are found together that is detected using conventional fluorescence microscopy. This protocol describes how to perform PLA in vivo on the central nervous system and peripheral nervous system of third-instar larvae of the fruit fly Drosophila melanogaster .

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,331
Score d'incertitude au seuil0,623

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,252
Écart entre enseignants0,234 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle