Comparison of swab DNA extraction methods for examining sea star dermal microbiomes
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Marine invertebrates are surrounded by and interact with an array of microbes, yet their microbiomes remain largely unexplored. With a seemingly endless choice of nucleic acid extraction kits, there is a need to assess the compatibility across approaches to determine whether microbiome results are comparable across studies employing different extraction methods. In this study, 5 kits were compared for extracting DNA from dermal swabs from 2 sea star species: Pisaster ochraceus and Dermasterias imbricata . DNA yield varied by kit, as did the ease of PCR amplification. Using 16S rRNA amplicon sequencing, differences in microbial richness and diversity were observed between sea star species, but not among extraction kits. Relative abundances of the most abundant prokaryotic phyla were largely attributed to sea star species rather than kit: the D. imbricata microbiome was dominated by Proteobacteria , whereas P. ochraceous had more even representation of Proteobacteria , Spirochaetota and Bacteroidota . Our results suggest that, despite some differences in ease of amplification, all 5 extraction kits examined here provide comparable and suitable results for characterizing sea star dermal microbiomes.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle